随着科技进步和社会发展,我国对高校科研经费的投入一直在稳步快速增长,科研经费使用效益问题也随之越来越被社会各界所广泛关注。《国务院关于优化科研管理提升科研绩效若干措施的通知》提出要强化科研项目绩效评价。在财政资金预算管理越发严谨,经费使用绩效评价要求日趋严格的形势下,加强高校科研经费绩效管理,做好绩效评价工作,已成为高校科研管理工作中必须重点关注的问题。本文通过系统查阅国内外专家对科研经费绩效管理的研究,详细阐述科研经费及绩效的相关概念,以新公共管理理论、绩效管理理论等为基础,结合目前高校科研经费绩效管理的现状,分析其存在的主要问题,采用平衡计分卡构建出高校科研经费管理绩效评价的指标体系,并运用层次分析法赋予各指标相应的权重。以Z高校为例,从财务、内部运营、产出效益、学习与成长四个维度对科研经费绩效管理进行评价分析,通过三年指标数据对比,发现了Z高校在科研经费管理中存在的问题并对应提出建议。最后通过分析提炼,从重点学科建设、创新平台建设、教师队伍建设和人才培养等方面提出了提高我国高校科研经费绩效管理水平的建议,这对于优化教育资源配置,实现高校发展战略目标具有一定现实指导意义。