本研究通过建立复式PCR检测系统，一次扩增同时检测恶性疟原虫（P.f.）和间日疟原虫（P.v.），并对现场应用的效果进行评价。采用生理盐水处理滤纸干血滴，设计针对P.f. pRBK-14中度重复序列基因和P.v.线粒体细胞色素C氧化酶基因COⅢ合成引物，调整、优化反应体系，混合扩增检测P.f.和P.v.，扩增产物经琼脂糖凝胶电泳，P.f.在210bp，P.v.在370bP位置分别出现特异性条带，混合感染血样在210bP和370bP同时出现特异性条带。扩增食蟹猴疟原虫（P.c.）、鼠伯氏疟原虫（P.b.）及正常人白细胞均无特异性条带出现。不同地理株的P.f.和P.v.均可检测。可被检测的最低原虫密度P.f.为5.5×10^-7，P.v.为1.5×10^-6；现场样本检测的敏感性和特异性P.f.分别为100％和98.7％，P.v.为97.9％和98.7％。该系统用于闽南疟区现场监测，具有采样方便、易于操作、稳定性好，检测大批样本效率较传统镜检高2倍，且成本低于镜检，有推广应用前景，可用于疟疾监测、分子流行病学调查、献血员筛选和虫种鉴定等。