本文首先对高官职务犯罪案件异地管辖运行状况进行梳理，总结实践中各机关的操作程序，进而提出在各阶段存在问题。由于高官往往具有党员的身份，因此纪委往往会在诉前提前介入案件的调查处理，利用“双规”控制高官，这将导致案件处理的政治挂帅，以及由于“双规”收集了绝大部分的案件关联证据，将导致检察院立案侦查职能的势微，不利于其行使法律监督机关的职能；而在立案侦查阶段，由于刑诉法并未对检察院立案侦查管辖就级别和地域角度做出规定，导致实践中检察院立案侦查管辖是以法院的审判管辖为参照标准确定，既然在刑诉法上没有检察院立案侦查管辖的级别和地域管辖的规定，那么检察院指定异地立案侦查管辖便存在非法嫌疑，而且立案侦查作为独立于审判的程序阶段，以审判管辖为参照标准的做法也不妥当；在审判阶段，虽然刑诉法第26条对指定异地审判做出了规定，但是相关法条却较为笼统，赋予了法院极大的指定权，在实践中出现了随意指定的现象，这与程序法定原则背道而驰。针对上述存在问题，笔者分别提出纪委案件移送时间点的改善，并在案件移送检察院后，为确保案件的顺利办理，可以由纪委派员进驻检察院自侦部门协助侦查；刑诉法管辖一章增加公安机关和检察院立案侦查级别、地域管辖的规定；在指定管辖申请、审查、适用主体等方面进一步细化指定管辖的程序内容。