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用显微镜对曝气池中原生动物进行观察，结合污泥沉降参数、活性污泥浓度和COD去除率等变化参数，可以作为判别曝气池运行优劣的手段。
由实验证实：当曝池活溶解氧浓度达到6.4mg/L，曝气池进出口的SV30达到92﹪～100﹪，污泥几乎不能沉降，显微镜检测发现微生物呈现胞囊状态与鞭毛虫大量出现，胞囊与鞭毛虫的出现是水质变差的现象。当曝气池进水COD浓度由540mg/L增加到1384mg/L，曝气池受到高浓度COD的冲击，曝气池中的钟虫体态变萎靡，轮虫出现胞囊状态，说明曝气池水质受到冲击使原生动物发生变异。
当曝气池进、出口处活性污泥对溶解氧的呼吸迅速降低到检测极限，污泥浓度MLSS在4.30-4.62g/L之间，出水COD和氨氮分别达到60mg/L和10mg/L左右，显微镜检测发现存在活跃的固着型微生物钟虫和轮虫等，标志曝气池运转良好。
对微生物，特别是对曝气池中原生动物的观察，结合耗氧状况、污泥浓度和污泥沉降参数等变化可以作为指导曝气池运行的指标。