区域经济差异是区域经济学研究的核心问题之一，区域经济差异的扩大会对经济发展和社会稳定产生重大影响，社会各方面对区域经济差异给予了极大关注。目前，我国区域经济差异已表现出过大的特征，它不仅表现在三大地带之间，而且表现在省际之间，表现在省际内部间。作为祖国边疆的兵团，有着特殊的历史使命，其区域经济差异不能太大，否则会影响“屯垦戍边”职责的有效履行。因此，全面、深入、系统地研究兵团区域经济差异与协调发展问题是当前的重要课题。为使兵团国民经济保持持续稳定较快的增长，逐步缩小各区域的经济差异，以保证社会稳定和民族团结，最终实现各区域共同发展、各民族共同富裕，完成兵团“屯垦戍边”和发展现代化的历史使命。本文将理论结合实际，选取了衡量兵团区域经济差异的13项指标，运用因子分析法，相关分析，回归分析，指数平滑法等方法对兵团区域经济差异进行了静态分析和动态分析，进而分析了差异的大小程度，预测了未来几年差异的变化趋势，探讨了兵团区域经济差异产生的主要因素及机理，初步构建了兵团区域经济协调发展模式，最后粗浅的提出了促进兵团区域经济协调发展的政策建议。通过分析，本文得出以下结论：(1)兵团区域经济绝对差异已经超过警戒线水平，相对差异接近警戒线水平，且兵团区域经济差异呈现继续拉大的趋势；(2)天山北坡经济带的经济发展水平相对最好，边境经济带的经济发展水平相对较落后，南疆经济带的经济发展水平处于两者之间；(3)对兵团区域经济差异形成影响较大的因素是区域经济发展基础、投资、人口素质和产业结构，制度差异与人口数量增长差异的影响力较弱；(4)本文探索了现在或将来可供兵团选择的5种区域经济发展模式，但兵团区域经济协调发展的实现将是一个历史过程，兵团区域经济发展模式将随着时期的发展、环境的变化而变动，需要在实践中不断探索。因此，应将众多的理论与模式结合国情、区情、兵情建立一个多层次、多形式的适合兵团经济发展的复合开发模式；(5)对兵团垦区既要扶优扶强，又要大力支持相对落后垦区的经济发展，使差异调控在兵团经济承受能力范围内；(6)应从基础设施、产业结构、所有制结构、城镇化建设，垦区间经济合作，教育等方面着手，尤其是兵团应向国家争取更多区域取得税收权力，切实加快兵团经济增长，促进兵团经济向协调发展方向迈进。