排污许可制度是环保部门依据排污者的申请,经过审查,许可排污者严格按照排污许可证记载的要求实施排污行为,并对排污行为进行全程监管的制度。排污许可制度具有全程性和综合性的特点,因此是解决我国当前日益严重的环境问题的关键制度。而我国的排污许可制度的法律法规不成熟,实践中又存在着诸多问题,因此为了减少环境污染,提高环境质量需要对排污许可制度进行改革。进行排污许可制度改革需要梳理相关基础理论。结合排污许可制度的概念和基本内容,明确排污许可证是排污许可制度的载体,排污许可制度通过排污许可证来实现。结合排污许可制度改革的背景和原因,提出了排污许可制度改革的目标,即建立成熟的法律和监管体系,实现排污许可制度和其他环境保护制度的整合。进行排污许可制度改革需要明确我国当前排污许可制度的不合理之处。基于排污许可制度实施30年的立法概况和实施概况,结合一些数据和典型案例揭示了排污许可制度存在的问题,包括排污许可制度功能定位不明、排污许可证适用的污染物范围小、监管主体层级间权限划分过于原则、信息公开不足导致公众难以参与、与环境影响评价制度衔接不畅以及与总量控制制度衔接不畅六个问题。欧盟实施综合性排污许可制度,美国拥有最完善的排污许可制度,英国环境许可证制度有特殊的制度优势,排污许可制度在这三个国家或地区实施效果好,充分发挥出了排污许可制度的作用,在制度法律地位、适用污染物范围、监管体系、公众参与和环保制度衔接五个方面可以选择性的吸收合理经验,有利于我国进行排污许可制度的改革。通过以下几点完善建议,对我国排污许可制度进行改革:明确排污许可制度的核心地位,有利于以排污许可制度为核心整合环境保护制度;实行“一证式”的综合许可管理,实现对排污行为全周期的管理;细化监管主体层级间权限划分,提高监管效率,减少行政成本;扩大信息公开以完善公众参与,弥补环保力量的不足;整合环境保护制度,将环境影响评价制度作为排污许可制度的前置程序,将总量控制制度作为设立排污许可证的依据,发挥环保体系的整体优势。