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为揭示昆明市售稻米品种的真实性及其品质相关指标，本文利用SSR和InDel分子标记技术构建了主要昆明市售稻米的DNA指纹图谱，并进行了遗传多样性和基因型聚类分析，用与香味基因紧密连锁的标记对稻米进行了香味的分子鉴定，并采用咀嚼法加以佐证，最后对供试材料进行了针对CaMV35S启动子、NOS终止子和潮霉素抗性标记序列等转基因成份的分子检测，以明确昆明市售稻米的分子指纹和遗传差异，初步构建了昆明市售稻米的DNA指纹图谱和转基因成份、香味的分子检测体系。主要结果如下： 1.用改良的SDS法提取了昆明主要市售稻米的DNA，结果表明，用改良的SDS法提取出的DNA，能够获得满足PCR实验的需求，这将大大提高市售稻米品种鉴定的效率。 2.对SSR和InDel标记的多态性进行比较，结果显示，平均每个SSR标记检测到的多态性位点数要多于InDel标记，但是差异不显著。 3.遗传距离与地理分布关系密切，地理位置相距较近的类群间的遗传距离小，而地理位置相距较远的类群间的遗传距离大，且不同类群间的遗传变异变化较大，分子方差分析也表明地理因素对群体间的差异有很大的影响。 4.用筛选出的15对带型稳定、多态性好的PCR引物构建的51份昆明市售稻米品种的PCR指纹图谱能把大部分的供试样本区分开。 5.用CAMV35s启动子、NOS终止子和潮霉素抗性基因（hpt）序列建立的PCR技术是鉴定稻米品种是否为转基因品种的有效方法。他们阳性对照上分别扩增出了194bp、838bp和180bp的片段。昆明市售稻米品种不是由转基因品种生产的。 6.用SSR标记RM223鉴定出金瑞丰仙桃香米、苏优软香米等6稻米为香米，与咀嚼法得到的结果基本一致，但对个别品种的鉴定有出入。这一方法的可靠性有待进一步研究。