采用PCR(Polymerase Chain Reaction,聚合酶链式反应)扩增和测序方法获得下司犬线粒体DNA的D-loop序列,发现其D-loop 5’端高变区Ⅰ582bp碱基序列的A+T含量明显高于G+C含量,表现出强烈的反G偏倚。并于下司犬高变区Ⅰ序列共检测到11个多态位点,构成7种单倍型,单倍型多样性为0.867,说明下司犬线粒体D-loop的单倍型类型丰富,但其高变区Ⅰ的核苷酸多样性(Pi=0.00519)和平均核苷酸差异(k=3.002)却提示,下司犬的遗传多样性较低。聚类分析结果显示,中国家犬有3个母系来源,下司犬与藏獒的亲缘关系最近,建议将藏獒用于下司犬的选育和复壮。家犬的主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)又称为犬白细胞抗原(Dog leukocyte antigen,DLA)。本研究利用PCR-SSCP(Single aranded conformation polymorphism,单链构象多态性)技术检测了下司犬等4个品种,46只家犬个体的主要组织相容性复合体DRB1基因第二外显子(DLA-DRB1 exon 2)的序列变异。目的DNA经SSCP分型后克隆测序,获得270bp的目的基因片段。与已知等位基因比较发现,本文所测序列共有62个多态位点,定义了53个等位基因,其中48个为新发现等位基因。所有序列中都没有发现序列的插入或缺失,经等位基因序列比对发现,非同义替换导致39个氨基酸改变。家犬主要组织相容性复合体DRB1基因第二外显子的非同义替换与同义替换比值(d_N/d_S)为2.676,说明该基因受正选择作用。数据分析显示,下司犬种群DLA-DRB1 exon 2具有50个等位基因,与其它家犬品种相比数量最多,而且遗传变异十分丰富,表明下司犬较其它品种具备更强的抗病适应性。