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本研究首次采用AFLP分子标记技术研究短枝木麻黄种质资源遗传多样性、遗传结构及群体间的相互关系，并结合分布区的生境状况，探讨其遗传多样性和遗传分化的影响因素，为短枝木麻黄基因资源引进、评价、保存及遗传改良提供科学依据。主要结论如下： (1)改良常规CTAB法提取短枝木麻黄基因组DNA，获得高质量的扩增模板：筛选出8对木麻黄AFLP引物组合，获得清晰的短枝木麻黄AFLP指纹图谱。 (2)短枝木麻黄存在丰富的遗传变异，遗传多样性水平很高。18个群体平均多态性位点比率、Nei’s基因多样度和Shannon信息指数分别为55.59％、0.2113和0.3109，种级水平分别为1.7489、0.4130和0.5972。5号群体(18153种源，Ela Beach，Papua NewGuinea)遗传多样性水平最高，Ela Beach of Papua New Guinea可能是短枝木麻黄天然分布的一个中心。 (3)POPGENE分析表明，短枝木麻黄种总基因多样性为0.4126，其中种群内基因多样性为0.2113；群体遗传分化系数为0.4878，群体间基因流(0.2625)较低，群体间分化较大。18个群体AMOVA分析显示种群间、种群内遗传变异分别为45.7％(p＜0.0002)和54.3％(p＜0.0002)。 (4)18个群体间遗传一致度为0.5880～0.9339，遗传距离为0.0684～0.5310。在阀值为0.34时，18个群体聚成3大类，国内对照种群41号(福建东山种群)单独聚成一类，5号(18153种源，Ela Beach，Papua New Guinea)、34号(18015种源，Chandipur，Balasore，Orissa，India)和23号(18154种源，Aklan，Panay Island，Philippines)聚成一类，其它群体聚成一类。短枝木麻黄种群间亲缘关系和地理距离相关性不显著。 (5)短枝木麻黄群体间遗传变异占较大比例(45.7％)，各群体间遗传多样性水平相差大，建议加强短枝木麻黄基因资源的多群体保护。而根据我国的实际情况，应重点和优先生长表现好和和遗传多样性丰富的群体(23号，18154种源，Aklan，Panay Island，Philippines；42，18086种源，Non Nuoc，Danang，Vietnam；46号，18355种源，Cotonou，Benin；36号，18119种源，Rameswaram，Tamil Nadu，India；40号，18288种源，Madagama，Sri Lanka；34号，18015种源，Chandipur，Balasore，Orissa，India；18号，18348种源，Kuantan，Pehang，Malaysia；5号，18153种源，Ela Beach，Papua New Guinea；33号，18014种源，Haingara，Balukhand，Orissa，India；39号，18287种源，Hambantota，Sri Lanka)，采取种质资源优劣分类保存和引种试验地区优先保存，同时结合异地保存和室内保存等技术方法；开展短枝木麻黄种子园建设，确保我国短枝木麻黄种质资源具有较完整的遗传多样性。短枝木麻黄遗传改良潜力很大，要注重优良：遗传材料的选择和改良，开展种群内和种群间杂交育种，同时借助分子辅助育种技术，加速育种进程，培育出生长好，抗逆性强的优良品种。