四川是农业大省，也是全国的农业种子大省，为数众多的种子企业的合作技术创新卓有成效，直接带动四川种子产业发展，每年向省外售种4000—6000万公斤，出口1000万公斤，年创产值10亿元以上，年产种量大，产值高，但面对竞争激烈的种子市场却缺乏有竞争力的高质量新品种。本文拟以四川省种子企业为主要对象，研究在农作物品种技术创新中的企业、高校和科研院所合作技术创新问题。 文章首先根据调查问卷和访谈了解的情况，对四川省种子企业合作技术创新的情况进行了总结和归纳，运用系统和协同学理论、交易费用理论、博弈论等理论，分析了企业对合作技术创新的认知程度；合作技术创新的动因；合作技术创新的制约障碍和政府行为对种子企业合作技术创新的影响。努力为四川省种子企业的合作技术创新研究提供借鉴与参考，进一步完善合作技术创新理论： 研究认为合作技术创新是四川省种子企业的现实战略选择，它决定了四川省种子企业技术创新的效率。研究结果表明：(1)企业有较强的愿望以合作方式来进行技术创新；(2)企业选择合作技术创新的主要动因是为了获得高质量的新品种、提高公司的研发力量、扩大公司规模和提高市场占有率、加快科研成果的转化；(3)技术不成熟、权益分配不当和缺乏管理创新的能力是影响合作技术创新的主要障碍；(4)政府目前的行为还没完全达到企业的愿望，企业期望政府还能在贷款、减免税金等政策上给予更大的支持。 文章最后提出如下政策建议：四川省应充分发挥政府在合作技术创新中的重要作用，制定激励合作技术创新的政策；完善社会信用担保体系，分散银行科技信贷的风险；建立面向中小企业的技术创新银行；同时要注意加强创新环境的培育，保护好知识产权：并提出了应用shapley值来实现合作利益的合理分配。