自明末西学传入中国之后,中国不同阶层、身份、地区的士人就对西学有着不同的反应,而吴、皖两派学者作为清代学术的主力军,他们也均将西学融入到了传统的经学研究之中,但两派学者由于不同的学术宗旨与学术经历,对西学有着截然不同的态度,这种不同也影响着两派学者西学会通的不同方式。探究两派学者的西学思想的不同,首先要分析士人西学思想的渊源与乾嘉学者所面临的社会背景,西学传入中国后,在对待西学的态度上有全盘接受、全面排斥、批判性吸收三种不同的态度,在批评性吸收中又形成了徐光启等人的“中西拟同”的会通思想,与发源于熊明於,后由王锡阐、梅文鼎等人完善,受到康熙皇帝“钦定”的“西学中源”思想,这些都是两派学者西学思想的理论基础;在社会背景上,两派学者生活于西学传入的停滞,中西会通的完成,“西学中源”成为钦定地位的时期,这些都影响着两派学者的选择。在吸收西学的具体实践中,两派学者都接受了西方传入的天文、地理、数学观念,并积极的将其运用于自己的经史研究之中。在会通中西方面,皖派学者继承了徐光启等人的“中西拟同”思想,主张吸收西法中的优越之处,能够平等的对待中西,肯定西人传法的功劳,在历算作品中以介绍西学知识为主,并在一定程度上能够超越西说;吴派学者则多主张“西学中源”之说,在吸收西法的同时注重“夷夏”观念,往往敌视西人,在历算作品中多以西法挖掘中国古法,对中国古代天文、数学等作品的复兴起到了重要作用。皖派学者的西学思想相较于吴派则更加开明,在具体成果上也更加优秀,但两派学者均未逃出儒学的框架,只局限于对西学知识的简单吸收,未将西学运用于具体的实践之中,对西学知识的学理也甚少探究,故都未能引起中国科学社会的变革。