我国是世界上最大的海水珍珠生产国，经过四十余年的发展，近年来海水珍珠产量稳定在20-25吨之间。马氏珠母贝(Pinctada martensii Dunker)是我国珍珠生产主要用贝。珍珠养殖技术的发展无疑促进了珍珠产业的发展，但在长期的生产中，由于对人工育苗亲本数量和亲本亲缘关系的忽视，致使近亲繁殖普遍，最终导致珍珠质量下降，单产降低。目前，国内外珍珠市场上规格大质量好的珍珠供不应求，而次残珍珠过剩，充斥市场，使我国海水珍珠产业处于尴尬境地。因此，马氏珠母贝的遗传改良及新品种的培育工作显得日趋迫切。我院王爱民教授多年从事马氏珠母贝的遗传育种工作，近年来利用传统杂交技术，通过马氏珠母贝不同地域种群的杂交，获得杂种优势，培育出了“海优1号”，已开始在广东、广西和海南推广应用，对我国海水珍珠养殖业的发展做出了积极贡献。为配合马氏珠母贝的育种工作，本学位论文将微卫星标记技术和成像色度分析系统运用到马氏珠母贝杂交育种中得到以下结果： (1)通过8个微卫星位点在马氏珠母贝杂交与对照组的4个群体内研究表明，微卫星标记的等位基因数都在2个或2个以上，其中最高的为8个等位基因数：8个微卫星标记在4个群体中获得总共146等位基因，期望杂合度值和观察杂合度值也远远高于同工酶；因此，微卫星标记在马氏珠母贝群体中遗传多样性丰富，加上共显性遗传等特点，可以作为我们下一步开展微卫星标记作图和QTL 定位的分子标记。 (2)用微卫星标记分析马氏珠母贝杂交和对照组发现，8个引物中仅有1个引物在4组群体中处于 Hardy-Weinberg 平衡状态，其他7个引物在不同的群体中都有处于极显著的非平衡状态。试验中所出现 Hardy-Weinberg 平衡的非平衡状态与无效等位基因的大量存在。 (3)用Fst检查表明，马氏珠母贝杂交与对照组的4群体之间有中等程度的遗传分化；杂交子代与亲本组之间的遗传距离是不相等的，正交 H-3 与亲本H-4 (母本)的遗传距离最近，偏向母本组；反交H-2与亲本H-4(父本)遗传距离，相对较近，偏向父本组。无论是正交(H-3)还是反交(H-2)都以三亚养殖贝(H-4)遗传距离比较近，三亚野生贝在杂交后代的贡献率大于印度养殖贝。 (4)成像色度分析系统能使珍珠贝颜色分辨定量化和数字化，分析表明马氏珠母贝杂交组和对照组贝壳外缘珍珠质颜色差别显著，杂交亲本颜色和色差差别较大；杂交增加了正反交后代间的颜色差异和色差值；两杂交后代间色差值最大。杂交后代的贝壳外缘珍珠质颜色更接近父本的珍珠质颜色。初步判断父本组的颜色往往决定子代的贝壳外缘珍珠质的颜色。由印度养殖贝作为父本所产生的杂交子代H-3的颜色接近父本的珍珠质颜色，由于H-3在生长速度上有明显的杂种优势，从而证明H-3因生长速度快可以作为育珠母贝使用，因颜色优良又可作为细胞小片贝，因此，H-3是作为育珠母贝和细胞小片贝于一体的优良品系。 (5)珍珠的颜色与细胞小片贝贝壳的颜色都有一定的相关性。H-1 和 H-3所产生的珍珠颜色质量较好；而H3是三亚野生贝♀×印度养殖贝♂杂交(正交)所产生的后代，在生长速度和插核育珠效果上表现了优良的经济性状，是初步建立的马氏珠母贝优良品系——“海优 1 号”，本研究证实“海优 1 号”作为细胞小片贝同样是非常优秀的。 (6) “海优 1 号”在不同海域养殖后贝壳珍珠质颜色之间的差别明显，其中广西营盘、广西江山和海南黎安这三组贝壳珍珠质颜色之间的差别相对较小，而广东英利与这三组之间贝壳珍珠质颜色之间的差别较大，说明环境影响了贝壳珍珠质的颜色。