蒙古马是世界上最古老的马品种之一,也是我国著名的地方品种,具有抗病、抗寒、耐粗饲等优良特性。对我国优秀地方品种蒙古马进行免疫相关基因的研究,不仅可以进一步了解蒙古马抗病能力,为揭示蒙占马抗病力遗传特性提供理论依据,而且对我国蒙古马种质资源的保护工作起到积极作用。因此,本研究采用RNA-Seq技术对蒙古马与纯血马血液进行mRNA和lncRNA测序分析,根据测序数据结果,筛选出免疫相关差异表达基因。其次,将筛选出的免疫相关差异基因在在RNA水平和蛋白水平上进行了表达量分析,得到的结果如下:1.本研究构建了 6个RNA测序文库共获得约996 M(million)读长为150 nt双末端原始读段(raw reads),经过过滤最终得到882 M高质量读段(Clean Reads),且平均98%的Clean Reads均可以比对到马参考基因组上。2.6个文库共鉴定出18783个mRNA,其中1199个mRNA在两个品种间显著差异表达(上调mRNA为460个,下调mRNA为739个)。两组文库显著富集的GO通路主要参与免疫反应,包括炎症反应、免疫系统过程、防御反应、对刺激的反应等。KEGG显著富集在NF-κB信号通路、TNF信号通路等免疫相关重要通路。3.6个文库共鉴定出3473个novel lncRNA,这些novel lncRNA具有外显子数少、转录本长度短和表达丰度低等特性。通过差异表达分析,鉴定出790个lncRNA在两个品种间存在显著差异(563个lncRNA上调,227个lncRNA下调)。显著差异表达lncRNA的靶基因有1062个,其中203个靶基因基因与免疫相关。KEGG富集分析发现,6条通路达到显著水平(P<0.05),其中富集最多靶基因的通路为病毒感染通路。4.采用qRT-PCR技术NF-κB通路上的相关基因在血液、脾脏、肝脏和肺脏组织中的表达进行了分析,结果表明,选取的8个基因在血液、脾脏和肝脏中的表达量均为蒙古马低于纯血马;而在肺脏组织上的表达量为蒙古马高于纯血马。同时,采用Western blot技术对NF-κB蛋白和IL-1β蛋白在肺脏组织的表达进行了分析,结果表明,NF-κB蛋白和IL-1β蛋白在肺脏组织上的表达量均为蒙古马高于纯血马。