始于1978年的市场化改革使我国的制度环境发生了巨大的变化，进而促使信息交流更加高效、要素流通更加便捷、贸易往来更加频繁。自从创新在新经济增长理论和新制度经济学中得到关注后，关于创新的研究日益成为热点。制度环境对创新有直接和间接的影响，但是这种影响却尚未明确。有别于已有大多数文献中判定的制度对创新是线性影响的结论，本文认为其对创新的影响方式更合理的描述是非线性，而且不同地区受自身地域特征或历史发展等因素的影响，区域创新受制度环境的影响也会不同。本文以“市场化”为创新环境的量化描述，就市场化对区域创新绩效影响做了理论和实证分析，并以中国东中西三大地区为分样本，研究这种影响的区域差异性。　　文章实证发现市场化的四个方面——“非国有经济发展”、“要素市场发育”、“产品市场发育”以及“法律制度环境成熟度”对区域创新绩效的影响都是呈“倒U型”曲线，这意味着市场化程度的增强对区域创新绩效的提高有促进作用，但达到一定程度后随着市场化程度的进一步提高这种促进影响会减弱。具体的：（1）总的来看，市场化对创新绩效的影响呈“倒U型”，市场化各分项对区域创新绩效的影响也呈“倒U型”；（2）东部地区，市场化的四个分项中非国有经济发展、产品市场发育和法律制度环境成熟度对创新绩效的影响呈“倒U型”，而要素市场发育对创新绩效的影响呈“U型”；（3）中部地区，非国有经济、要素市场和产品市场对区域创新绩效呈“倒U型”，而法律制度环境对其影响呈“U型”；（4）西部地区，非国有经济对创新绩效的影响呈“倒U型”，要素市场和产品市场对其影响呈“U型”，法律制度环境对其有显著正向促进影响；（5）市场化对创新绩效的两个方面——纯技术效率和规模效率的影响都是呈“倒U型”，其中非国有经济和要素市场对纯技术效率影响更大，而产品市场和法律制度环境对规模效率的影响更大。　　通过基于区域创新理论的理论分析和以中国31个省级行政地区为对象进行的实证研究，本文系统地厘清了市场化对区域创新绩效的非线性影响方式及其区域差异性。基于“倒U型”影响方式和地区差异性等主要研究结论，本文认为市场化建设应当是“有管理的市场化”，即政府适度管控下的自由市场化，并进一步地从“有序推进市场化”、“推进国家治理体系和治理能力的现代化”以及“针对区域差异性因地制宜”三个方面提出了政策建议。