1999年11月15日，作为重组改制的一部分，中国石油天然气集团公司根据中华人民共和国公司法创立了中国石油天然有股份有限公司(简称中国石油)。新成立的中国石油天然气股份有限公司采取的是“一级法人、分公司为主”的公司组织体制。对中国石油天然气股份有限公司来说，如何做好分公司的管理工作显得日益紧迫。 针对目前管理理论界较少对分公司做专门研究的现状，本文从分公司的基础研究工作做起，在第二章详细对分公司的概念、组织特征与法律特征及其与子公司、事业部的区别和联系做出了总结。之后，在第三章以人的有限理性和机会主义假设为前提，对本公司与分公司之间的关系进行了剖析，利用逻辑分析的方法推证了本公司与分公司之间是一种委托代理的关系。同时指出，这种关系下的本公司与分公司，由于信息的不对称和利益的不一致，分公司作为代理人在代理过程中的不利选择与道德风险将损害委托人(本公司)的利益。 为了维护本公司的利益，降低代理风险，减少代理成本，本文提出应从两方面入手。一方面，对分公司重大项目的投资决策、项目管理实施“集中统一”控制，附之以严格的预算控制，以期消除代理风险。文中第四章根据中国石油的实践做出了控制机制的设计。另一方面，采取以业绩考核为基础的激励报酬机制，正面引导，激励分公司经理领导分公司做出与本公司利益相一致的行为。文中在第五章实证的研究了中国石油天然气股份有限公司分公司激励报酬机制的设计。在论文的最后，总结了全文的创新与研究结果。 本文采取了理论研究与应用设计相结合的研究方法，其对分公司管理的研究成果不仅适用于中国石油天然气股份有限公司，同样也可为其他大公司或企业集团采用。