转基因水稻质粒标准物质研制及量值测定方法评估

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转基因生物标准物质对转基因作物及其产品的定量检测尤为重要。我国转基因生物标准物质的研制工作还处于初级阶段,因此研制新型的标准物质对解决目前我国转基因标准物质匮乏有着重要意义。本文构建了六个转基因水稻品系的质粒DNA标准分子,对其中四个质粒DNA标准分子进行了定量适应性、均匀性测试、稳定性考察,并利用数字PCR技术对质粒DNA标准分子进行量值测定,主要结果如下:1.成功构建了适合于六种转基因水稻RJ5、T2A-1、KMD、T1c-19、G281、KF6品系特异性检测的质粒DNA标准分子pRJ5、pT2A-1、pKMD、pT1c-19、pG281、pKF6。这些质粒DNA标准分子均含有各自对应的品系特异性序列、一段水稻内标准基因SPS片段(291bp)和一段2463bp水稻基因组大片段。我们对其中的四个质粒DNA标准分子pRJ5、pT2A-1、pKMD和pT1c-19进行了适应性鉴定、均匀性测试和稳定性考察。适应性鉴定结果表明:以pRJ5、pT2A-1、pKMD和pT1c-19作标准物质在定量PCR中构建的内外源标准曲线均具有良好的反应效率(95%-102%)和理想的线性相关性(0.9994-1.0000)。各标准曲线具有良好的重复性和重演性,重复性相对标准偏差为0.01%到1.26%,重演性相对标准偏差为0.13%到2.84%。各质粒DNA标准分子在定量PCR体系中具有良好的灵敏度,LOD(检测限)低至5-10copies/μL,LOQ(定量限)约为10-20 copies/μL。进一步,通过Cf值和盲样的定量分析,盲样的测定偏差在0.25%至24.10%,相对标准偏差的范围为3.11%至25.96%。这些数值均符合相关标准。均匀性测试结果表明:质粒DNA标准分子在管间和管内均无显著差异,具有良好的均匀性。稳定性考察数据表明:质粒DNA标准分子至少可以稳定地保存半年。上述数据均说明了研制的转基因水稻质粒DNA标准分子可作为标准物质对相关的转基因水稻品系进行定量检测。2.数字PCR技术因其能够不依赖于标准物质实现绝对定量,因此适合于转基因作物及其产品的检测,特别在标准物质的定值方面具有巨大的应用潜力。我们利用三种数字PCR平台(cd PCR、dd PCR和3D dPCR)对质粒DNA标准分子的特性量值进行测定,并对评估数字PCR方法是否适合用于标准物质的量值的测定进行评估。总体上,三种数字PCR平台均对质粒DNA标准分子的量值测定结果较为准确且一致,均和真实值1:1拷贝/拷贝接近。研究表明,数字PCR具有很好的准确性和计量学特性,是一种适合于标准物质的量值测定的新方法,将会在标准物质定值领域广泛应用。
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