随着社会的持续发展，知识的不断更新，新信息时代的到来为社会的进步提出了更为强烈的挑战。为了适应这种变化的市场格局，非营利组织也在不断的扩大，已成为社会组织形式中的重要组成部分，所涉及的领域现在已经遍及全球，不以营利为目的，通过向社会提供服务来提高人们的生活质量，成为社会进步的重要象征。由于非营利组织发展起步较晚，缺乏一定的科学理论依据，在服务质量和运营效率方面存在不足，导致非营利组织发展受到一定的限制，从而使得非营利组织绩效评价方面存在一定的问题。平衡计分卡的出现给非营利组织发展带来了新的机遇，分别从四个方面对非营利组织进行绩效评价，为组织目标的制定提供科学有效的依据；协调内部环境与外部条件的平衡，为组织目标的实现创造独特的优势；是衡量非营利组织绩效评价的一种全面而有效的方法，为非营利组织的生存与发展提供可靠的保障，促进非营利组织持续稳定的发展。本文借助平衡计分卡建立非营利组织的绩效评价体系，首先通过国内外文献研究阐述非营利组织存在问题，对非营利组织绩效评价影响因素进行分析，提出平衡计分卡这一绩效评价方法，以其四个层面为基础，论证平衡计分卡应用于非营利组织绩效评价中的适用性，给出基于平衡计分卡非营利组织评价体系构建模型；然后结合灰色关联度方法，建立基于规则的关键指标选择方法，促进了平衡计分卡在非营利组织中应用的有效性，为实证研究提供可靠依据；最后以H大学为例，构建基于平衡计分卡的关键指标评价体系，运用MATLAB软件及层次分析方法进行指标权重的确定和一致性检验，提高指标可信度；通过问卷调查方法及统计分析方法确定评价矩阵，为综合评价奠定基础；使用模糊综合评价的方法进行指标体系的综合评价，从而来体现整个绩效指标体系的评价结果，验证基于规则关键指标选择方法的实用性。