在经济全球化和科学技术飞速发展的今天，技术越来越成为企业的核心支柱，成为企业生存和发展的关键。但是技术创新的高成本和高风险制约着企业的发展。在此背景下，合作研发作为一种新的技术创新方式，突破了企业内部研发资源、研发能力的禁锢，将企业可利用的资源、能力延伸到全社会，使整个社会的研发资源、能力得到了优化、提高。 本文借助经济学和管理学的相关理论，对合作研发的建立、运行问题进行了研究。本文以交易费用理论等奠定了合作研发产生的理论基础；分析了合作研发的组织形式，要求企业必须根据研发技术的性质、企业所拥有的资源及其他因素选择合作研发的具体组织模式；运用层次分析法来进行合作研发的伙伴选择，并具体分析了合作研发的运行机制：信任机制、激励机制、协调机制和检查机制；对合作研发的风险及其防范作了介绍；针对我国合作研发的现状和存在的问题，从完善市场机制、构建利益与风险共担的合作机制、建立和完善合作研发的风险投资机制、营造有利于合作研发的政策环境等方面给出了发展和完善我国合作研发的建议。 本文通过对合作研发建立及运行的研究，加深人们对合作研发的认识和理解，了解合作研发构建的一般原理及运行中的各种关系，从而可以针对合作研发的开展与运行实际采取必要的措施，促进合作研发在我国的健康发展，适应我国加入WTO后国际经济竞争的需要，提升我国企业的核心竞争力，为实现我国经济的良性运行奠定坚实的微观基础。