荸荠（Eleocharis tuberosa Schulut）是莎草科（Cyperaceae）荸荠属（Eleocharis R．Br．）的多年生浅水草本植物。荸荠以地下球茎为食用部分，在我国长江以南各省都有栽培，是一种重要的地方特色保健蔬菜，具有一定的药用价值。　　 目前，分子标记被广泛应用于植物的亲缘关系分析、种质鉴定、遗传图谱构建、目标基因定位、辅助育种等各个方面，但在荸荠方面的应用较少。本试验选取了24个荸荠品种（包括1个野生种和23个地方荸荠品种），对球茎的纵、长径、单球茎重、其淀粉含量等9个数量性状，球茎形状、脐部、表皮颜色等8个质量性状，进行了聚类分析。并应用RAPD（Random Amplified polymorphism DNA）和ISSR（inter-simple sequence repeat）分子标记技术对24个不同地方荸荠品种进行了种质遗传多样性分析。其研究结果如下：　　 1．贺州芳林、桂蹄一号、广西全州、安徽庐江等7个地方荸荠品种单球茎重高，可溶性糖含量高，可作为鲜食材科进行引种和示范推广：广东番禺荸荠-Ⅰ、广西平乐荸荠-Ⅰ等5个品种的淀粉含量相对较高，可作为淀粉型荸荠的引进和示范推广。　　 2．形态学性状的聚类分析把供试的24个品种分为二个类群。第一类群只有野生荸荠1个品种，第二类群为23个地方栽培的荸荠品种，第二类群中又可分为5亚类。从分析结果可以看出。野生荸荠与23个地方栽培种的距离相对较远，而23份地方栽培种间的距离较小，这与从形态上难以鉴定品种的结果基本相符。　　 3．用SDS改良方法提取荸荠基因组DNA，其浓度和纯度达到了RAPD和ISSR分子标记技术的要求。　　 4．建立适合于荸荠RAPD和ISSR分子标记技术的扩增体系。　　 5．从100条RAPD引物中筛选出适合荸荠种质分析的15条RAPD引物，共扩增出81条带，平均每条引物扩增出5.4条带，多态性为61条带，多态性比例为75％。通过UPGMA聚类结果分析，建立了24个荸荠品种亲缘关系系统树，在遗传距离0.33处，24个品种被分为五类。　　 6．从96条ISSR引物中筛选出适合荸荠种质分析的11条ISSR引物，共扩增出86条带，平均每条引物扩增出7.8条带，多态性为69条带，多态性比例为80.3％。通过UPGMA聚类结果分析，建立了24个荸荠品种亲缘关系系统树，在遗传距离0.35处，24个品种被分为五类。　　 7．RAPD和ISSR实验数据混合后的综合聚类分析，在遗传距离GD=0.35，可将24份荸荠品种划分为5组，与分别用RAPD和ISSR聚类的结果基本一致，24份荸荠材料存在着一定的遗传多样性，各组间的遗传距离较小，表明它们之间的亲缘关系较近，但也存在着一定的差异。