《大学直指》中,智旭并不以成就“大人之学”来解释《大学》,而是站在佛教立场,解“大”为“心”,解“学”为“觉”,并以佛教“一身三德”(般若德、解脱德、法身德)解儒家“明德”之义,将“明德“上升为与佛性一样的本体地位。而对于儒家成就理想人格的“三纲八目”,智旭用天台宗“一心三观、一境三谛”学说,将儒家之“三纲”收摄于“明明德”之中,而融”三纲”为“一纲”;又将儒家修养功夫论之“八目”,纳入佛家之转识成智的修行功夫范畴之中,以此详加阐释其妙修与性修相即,本体和功夫不一不异的本体功夫论,从而将儒家内圣外王的理想转化成佛家的内心修炼,实现儒佛在形上学层次的本体功夫的会通。　　智旭用佛教思想解释《大学》,使《大学》具有丰富的佛理,其思想内涵可归纳为:性德本具、性修不二、心外无法这样三点。智旭认为性德是人人本具的心真如门,随缘不易。而根身器界,家国天下则是心生灭门,因缘所起,不易而易。心真如门和心生灭门则统摄于一心,人人本具。然而人人本具之“性德”,必须经由“修德”工夫彰显。故性修其实不二,性修不一不异。但并非性德之外令有一个修德,其实,性德与修德是在同一个修行过程中相辅相成,相互涵摄的两个方面。此即全性起修,全修在性的圆教境界。智旭依佛法认为,心、佛、众生三无差别,众生现前一念,非一切法而具一切法,故心外无法,不于心外觅法,法外觅心。但众生不了一真法界,不觉念起而生无明,故有种种烦恼,须得以慎独之功夫破之。这些佛家的理论的儒典运用,将抽象的佛性与儒家具体的德性结合在一起,用“现前一念心”将其统一起来,把本体与功夫统一起来,这实际上也是发展了更为中国化的佛性论和心性学说。　　智旭用以解释《大学》的学理支持,主要是融合了天台和唯识为主的佛教理论,在他的诠释策略中往往运用语言的别解(即忽略儒家经典的文化背景和语境)以佛释儒,佛化儒典,但他也注意了以佛道统摄儒家伦理之道并转进其归依佛道,以此达到其所追求的融通儒释道三教的目的。　　阳明心学以“本心”作为最高本体,以现世道德实践为准则,提倡知行合一的“良知”说,体现道德实践的内在性和自觉性。智旭对阳明多所推赞,其在《大学直指》中阐释的诸多佛学思想与阳明心学思想确有既相似又区别的微妙相通处,比如二者在心兼能所,心外无物,性修合一等本体功夫的论述,以及导人为善的立论宗旨上,都有着异曲同工之妙。