海南脊扁蝽（Neuroctenus hainanensis Liu,1981）,隶属于昆虫纲（Insect）,半翅目（Hemiptera）,扁蝽科（Aradidae）,脊扁蝽属（Neurotenus Fieber,1860）。本研究以18个不同地理种群的海南脊扁蝽为研究对象,通过高通量测序获得50条完整的线粒体基因组序列,对海南脊扁蝽的种群遗传多样性、遗传结构以及种群历史动态进行研究。海南脊扁蝽线粒体基因组全长为15086-15100 bp,由37个编码基因和一个控制区组成。本研究基于不同数据集（PCG、37CG、CGN）进行种群遗传学分析,三组数据集的结果基本一致。海南脊扁蝽样本整体有较高单倍型多样性（0.667-1）、较低核苷酸多态性（0.00014-0.00466）的特点。基于PCG数据集,AMOVA分析显示,来自种群间的变异占41.56%,来自种群内的变异占58.44%,推测海南脊扁蝽的变异可能与地理距离有关;遗传分化系数Fst值介于-0.2064～0.9758之间,67.32%的Fst值大于0.25,推测海南脊扁蝽处于极度分化的状态。基于单倍型聚类分析图、网络进化图以及系统发育等各项分析,结果支持所有样本分为3个谱系,分别是云南谱系（YN Group）、海南谱系（HN Group）和广西谱系（GX Group）。HN Group和GX Group聚为一支,为姐妹群关系,两类单倍型之间亲缘关系较近;YN Group单独聚为一支,突变步数较多,与其它种群之间有明显的遗传分化。分歧时间估算结果显示,海南脊扁蝽于新生代古近纪渐新世鲁培尔期（32.8272 Ma）开始逐渐分化,YN Group分歧时间约为26.3595 Ma,GX Group分歧时间约为25.1939 Ma,HN Group分歧时间约为23.899Ma。种群历史动态分析结果显示,GX Group的Tajima’s D值与Fu’s Fs值均为显著的负值,同时单倍型网络呈现星状分布,推测这一谱系近期可能发生过种群扩张事件。对海南脊扁蝽整体样本进行分析,Tajima’s D值为显著的负值,Fu’s Fs值为极显著的负值,错配分布图呈现多个小峰值,SSD值和Rg值都较小且不显著,推测海南脊扁蝽整体可能发生了种群扩张事件,出现多峰错配分布与样本量小有关。第四纪冰期全球温度逐渐升高,种群开始向北扩张,同时琼州海峡和五指山山脉的存在阻碍了种群间的基因交流,形成了当前的遗传结构。