本文以能值理论分析方法为主轴，与生态足迹方法、洛伦兹曲线方法相结合，对闽台生态经济系统的可持续性以及平衡性进行了分析评价，并且将闽台两省的生态经济系统的现状进行了对比。　　 首先绘制区域生态经济系统的能流图，建立了区域生态经济系统能值指标体系，分别对闽台两省能值结构指标、社会子系统的能值指标、经济子系统的能值指标以及自然子系统的能值指标四个部分进行分析对比。结果显示台湾省工业辅助能值比率、人均电力能值、能值产出率、能值交换率以及能值投资率等指标均高于福建省，并且台湾省的能值货币比率、能值自给率、能值废弃率低于福建省，因此，得出结论1998～2007年间，台湾省生态经济系统的可持续性以及整体协调性要高于福建省。　　 其次通过能值足迹计算的结果，闽台两省均处于生态赤字情况，但赤字都较小，可见闽台地区的社会经济活动带给当地的自然生态环境压力较小，闽台生态经济系统运行正常。其中台湾省的生态赤字低于福建省，表明台湾省的生态经济系统中自然环境子系统和社会、经济子系统的和谐统一性较好，具有相对较高的平衡性和可持续性。　　 最后通过能值洛伦兹曲线得出闽台地区的能值洛伦兹系数分别为0.22和0.08，根据能值等级的划分标准，可以定位福建省生态经济系统处于正常的平衡状态，台湾省生态经济系统处于最佳的平衡状态。整体来讲闽台生态经济系统平衡性较好，福建省生态经济系统的平衡状态略低于台湾省，即福建省社会经济发展水平比台湾略低，台湾经济发展水平能够促使整个生态经济系统保持较高的平衡性。