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本实验以发现的野生红肉猕猴桃实生苗JXFX-CK-04137株系以及红阳品种(系)的红阳、SF0201、SF0809、HY×SF0612以及ChuanMi3X HY为材料,采用田间调查、染色体倍性观察、ISSR标记的方法分别从形态学水平、细胞水平、分子水平分析其遗传差异。通过生物学特性的调查,从形态学方面分析其遗传差异；并利用去壁低渗法进行染色体数目观察,确定供试材料的染色体倍性：同时应用ISSR分子标记技术分别对48个株系材料进行亲缘关系的鉴定,得到以下结果：1JXFX-CK-04137与红阳品种(系)均为单花序,单色品种,花萼绿色,花柱白色斜生,花丝绿色；相较于红阳品种(系),JXFX-CK-04137花柄长度中等,花萼数最少,仅为5.85个,花直径第二长,为36.37mm,花柱最多,为41.75个。可见JXFX-CK-04137与红阳品种(系)在花的生物学性状上存在差异。2JXFX-CK-04137与红阳品种(系)的幼叶叶柄正面花青素着色弱,幼叶基部相连,成叶正面茸毛密度无或极稀,成叶背面茸毛密度居中,成叶正面波皱度弱,成叶阔卵圆形；相较于红阳品种(系),JXFX-CK-04137幼叶尖端圆形,成叶正面绿色度深,成叶背面绿色度为中度,成叶叶柄比率最小,为0.48。可见JXFX-CK-04137与红阳品种(系)在叶的生物学特性上存在差异,特别是其成叶比率最小,利于养分运输,与红阳品种(系)的差异较大。3.JXFX-CK-04137与红阳品种(系)的果实绒毛均分布于果顶部,果皮较光滑,绒毛容易去除,果肉绿色,果心红色,果心小。相较于红阳品种(系),JXFX-CK-04137单果重最小,为28.51g,果实圆形,果皮暗褐色,果柄基部木质部较大,为3-6mm,果形指数为1.03；Vc含量最少,为110mg/100g；总酸含量仅次于Chuanmi3×HY,为1.45%；总糖含量仅次于SF0809,为7.28%；可溶性固形物含量居中,为14.20%；干物质含量最小,为16.87%；采收时硬度居中,为4.84kg/cm2耐储藏,可在0-4℃下保存3个月。该株系的果实形状上与红阳存在差异,果实品质不如红阳品种,不宜直接作为驯化的野生资源；但是该株系的储藏性能比红阳好,并且具有红肉性状,可以作为红肉猕猴桃杂交育种的亲本材料。4.JXFX-CK-04137的染色体约为2n=4x=116,是四倍体；红阳品种(系)的各株系染色体均约为2n=58,是二倍体。可初步判定JXFX-CK-04137是新的红肉猕猴桃株系。5.利用ISSR标记对48个供试材料进行遗传多样性分析。从100条ISSR引物中筛选出的7条引物共检测出96个位点,其中多态性位点92个。利用NTSYSpc软件进行聚类分析表明,48份供试材料的相似系数变异范围为0.0455-0.9041。JXFX-CK-04137株系中的12-18-14G、12-19-14B、12-18-14D,与红阳及其杂交F1代亲缘关系最远；而JXFX-CK-04137株系中的12-18-14B与红阳及其杂交F1代亲缘关系最近；JXFX-CK-04137株系中的12-19-13A与SF0809以及chuanmi3×HY的亲缘关系较近。JXFX-CK-04137的各株系间遗传相似系数变异范围为0.0526-0.8000,其中12-18-16D和12-18-16G亲缘关系最近,12-18-14G和12-18-16G亲缘关系最远。JXFX-CK-04137具有丰富的遗传多样性。可判定JXFX-CK-04137株系是不同于红阳品种(系)的红肉猕猴桃新株系,可以作为红肉猕猴桃育种的选择材料。