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南瓜作为我国栽培范围最为广泛的蔬菜之一,其种类繁多,果实色彩缤纷,具有很高的营养价值和经济价值。分子标记能够从DNA水平直接反映种质之间的遗传差异,是研究作物基因定位和构建连锁图谱的有效工具。本研究以印度南瓜(Cucurbita maxima)果肉黄色、果皮桔红色的高代自交系06820-1为父本,果肉白色、果皮灰色的高代自交系98-2-351为母本,杂交后自交所得的201个F2分离群体为供试材料,采用SSR、AFLP、RAPD标记与BSA法相结合对南瓜果皮、果肉颜色进行基因初定位,并构建了南瓜遗传连锁图谱,研究结果如下:1、利用SSR、AFLP和RAPD三种分子标记构建了包含20个连锁群,81个遗传标记位点的南瓜遗传图谱,其中包括57个SSR标记、21个AFLP标记和3个RAPD标记,连锁群总长度为991.5cM,平均图距12.2cM。2、关于果皮颜色方面,对亲本、F1及F2单株进行调查统计分析,结果表明,果皮颜色这一性状是受核基因控制的,在成熟果实中,F2群体中出现果皮桔红色和果皮灰色的分离比例经卡平方验证基本呈3:1分离比例,符合孟德尔遗传定律,可见,果皮桔红色这一性状表现为显性的质量性状,是由1对完全显性基因控制。并将果皮颜色基因定位到第五连锁群上,距离果皮颜色基因最近的标记是PU078072,遗传距离为5.9cM。3、根据果肉颜色五级分类标准,对亲本、F1及F2单株进行统计分析,结果表明:果肉黄色与果肉白色材料杂交,无论正交或者反交F1的果肉均为黄色,说明果肉黄色性状为完全显性。在F2群体中出现果肉黄色和果肉白色的分离比例经卡平方验证基本呈3:1分离比例,符合孟德尔遗传定律,从上述遗传表现可见,成熟南瓜的果肉颜色中果肉黄色性状是由1对完全显性基因控制。4、采用SSR分子标记与BSA法相结合,找到了1个与果肉颜色基因紧密连锁的SSR标记PU132712,经F2分离群体单株验证,认为该标记是与控制南瓜果肉颜色性状的基因相连锁的SSR标记,其连锁遗传距离为6.72cM。