公司治理与内部控制的互相融合一直是近年来美、英以及我国的研究趋势。伴随着诸如南航巨亏等内部控制失效案件的爆发，引发了资产市场上的轰动以及有关学者对内部控制缺陷的重点关注。作为监管主体之一的证监会也意识到问题的严重性以及内控失效关键所在，为此开展了公司治理整改专项活动。五部委又分别于2008年和2010年先后联合发布《企业内部控制基本规范》以及《企业内部控制配套指引》，完善了我国的内控规范体系。由此可知，2012年应是我国上市公司内部控制建设最好的年份，也最能反映其内部控制建设现状。现有文献多注重对内部控制缺陷的披露问题、市场反应等负面经济后果的研究，而少有关乎内控缺陷及其整改这一动态过程的正面经济后果。本文以此为契机，从理论和实证两方面对内部控制缺陷和公司治理相关问题进行探讨。理论部分包括对国内外公司治理、内部控制缺陷以及内部控制有效性研究的文献综述，以及本文所依据的我国特殊的制度背景和据以进行分析的较为成熟的前人理论基础。实证部分，筛选出2008年至2009年间存在内控缺陷的上市公司，以2007至2012年作为观察窗口，围绕内控缺陷及其整改这一动态过程与公司治理的主题，对公司治理与内部控制缺陷之间的联系，以及公司治理改善后内部控制有效性是否得到提高，且二者之间具有何种联系进行检验。实证结果显示，公司治理问题将导致上市公司内部控制缺陷的产生，而当这些问题得到改善后内部控制缺陷将受到抑制，有助于发挥内部控制的功能，实现内部控制目标，从而使内部控制有效性得到提高。这说明我国内控规范体系的经济后果较为理想。基于此，本文提出力推机构投资者参与上市公司治理，建立具有长期效应的独立董事激励机制，择优选取监事会或独立董事制度以及深化内部控制设计及运行的自主性等建议，以期为完善我国上市公司治理结构，提高内部控制的有效性提供参考。