政府补助既是国家支持特定产业发展、激励企业研究开发的重要手段,也是企业研发投入的重要资金来源。但是由于所在产业特点和企业自身条件存在差异,政府的补助政策会带有明显倾向性,不同公司会做出不同的研发投决策,进而对自身研发创新能力产生不同影响。因此,本文通过选取在我国实体经济中代表性较强、受政府补助范围较广的6个行业企业,运用其在2010至2015年间的面板数据,从研发投入和专利产出两个维度,分传统制造型和新兴研发型两个组,对比研究了政府补助对这些企业研发创新能力的影响差异。实证结果表明,(1)对于“钢铁、水泥以及交通运输业”传统制造型行业,政府补助对上市公司研发投入起到有效激励作用,与每年发明专利的申请数显著负向相关;(2)而对于“医药生物、节能环保、新能源”新兴研发型,政府补助对研发投入产生了挤出效应,却与每年发明专利的申请数量显著正相关;(3)对于传统制造行业,研发投入在政府补助影响公司发明专利申请量过程中产生正向的部分中介效应,但在新兴研发行业中,研发投入的部分中介效应为负。并且运用专利授权数可以得到相同的结论。因此,本文建议实施有保有压的行业政府补助政策,合理分配补助资源,并建立完善政府补助的信息披露制度,防止权力寻租,减少外部投资者与企业的信息不对称,同时对受补助企业研发资金使用加强事中和事后的监督,还要将知识产权保护强度维持在适当水平,保护初创公司和小公司的创新成果,防止不良专利竞争。