我国农村合作医疗制度在中国已有半个多世纪的历史，至今还处于一个试点阶段，还没有形成一个统一的、正式的制度安排以及新型农村合作医疗制度建立后是否可持续发展，这其中最主要的原因是筹资问题不能够得到解决，影响了合作医疗制度的可持续发展。基于此，本文把新型农村合作医疗筹资问题作为研究对象，目的在于突破以往的筹资模式，为新型农村合作医疗制度的研究提供一些有价值的线索，以此探索出具有稳定的新型农村合作医疗筹资制度。此问题的研究对新型农村合作医疗制度的发展具有重要的现实意义。首先：本文在搜集大量的相关历史文献和在实地考察的基础上，采用相关的理论分析方法即医疗保险的需求理论、信息不对称理论，善治理论作为本论文的理论依据，也是本论文的理论基础和方法，再加上文献分析法、比较分析法相结合的研究方法。以合作医疗的筹资问题为研究对象来分析合作医疗制度可持续发展的困难原因。其次：运用以上的研究方法对合作医疗发展阶段的筹资特点、政府对农村医疗卫生服务供给情况、合作医疗的相关主体行为和合作医疗的筹资机制缺陷进行分析，并用博弈模型方法分析农民自愿筹资与各级地方政府补助资金能否按时到位之间的关系。因此，在通过对新型农村合作医疗筹资困难原因分析之后，对解决合作医疗的筹资问题提出了假设。即(1)提高新型农村合作医疗筹资的社会化程度；(2)同医疗服务提供者建立制度化的关系；(3)实现良好的治理；(4)大力发展农村经济，引导农村剩余劳动力外出就业，不断增加农民收入；(5)使得政府、农民和医疗机构之间的信息处于对称状态，相互沟通，相互了解。如果这种前提条件都能具备，那么农民对合作医疗的筹资就由逆向选择行为转化为自觉自愿缴费的行为了。文章结尾部分给出了合作医疗筹资可持续发展道路的思路及本文的结论。