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背景近年来,越来越多的证据表明,长链非编码RNA(LongnocodingRNA,lncRNA),能够通过多种机制参与并影响包括肿瘤在内的各种生物学过程。肝细胞肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是全世界范围内最普遍且死亡率最高的肿瘤之一,对其的全转录组水平研究,尤其是长链非编码RNA的研究报道仍然较少。方法本研究利用高通量RNA测序,对12例HCC患者的组织样本(包括原发肿瘤组织及其配对的癌旁组织)进行转录组测序,筛选出肝癌差异表达mRNA(differentially expressed mRNA,DEG)lncRNA(differentially expressed lncRNA,DEL),并在21例HCC患者组织中进行了实时定量PCR(Quantitative reverse transcription-PCR,qRT-PCR)验证。使用Student’ s t检验和线性回归分析等关联分析DEL的表达与不同的临床病理特征的相关性。根据皮尔逊相关系数和富集分析等生物信息学方法构建DEG和DEL在肝癌中的共表达调控网络。利用RNAi干扰肝癌细胞内源性DEL的表达,,并检测肝癌细胞增殖和迁移能力变化,以探索DEL的生物学功能。结果本研究在12对HCC患者组织中确认了 439个差异表达的DEG和214个差异表达的DEL。同时,发现了一系列差异表达的lncRNA与肿瘤大小、组织分化、肝门静脉癌栓(Portal vein tumor thrombosis,PVTT)、组织及血清甲胎蛋白(Alpha-fetoprotein,AFP)水平等存在显著相关性,尤其是NONHSAT122051,不仅与肿瘤大小、组织分化及PVTT均密切相关,其表达水平更与血清AFP呈线性相关(p=0.0005),在今后研究中有望成为HCC新型生物标志物。此外,共表达调控网络,揭示肝癌特异lncRNA可能涉及代谢、细胞周期、化学致癌、补体与凝血级联等相关信号通路,在HCC中发挥重要的调控作用。最后,发现沉默内源性NONSHAT122051与NONHSAT003826的表达水平能显著抑制肝癌细胞系的迁移能力,提示其可促进HCC转移。结论本研究的发现不仅增加了对肝癌转录组的系统性认识,更揭示了肝癌特异lncRNA的生物学功能及可能的分子调控机制,为后续对肝癌的诊断、治疗及预后提供了新的思路。