长鳍吻鮈(Rhinogobio ventralis Savage et Dabry)隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)、鲤形目(Cypriniformes)、鲤科(Cyprinidae)、鮈亚科(Gobioninae)、吻鮈属(Rhinogobio),为长江上游特有小型底栖经济鱼类。当前长江上游水利工程的开发一定程度上改变了该流域生境,影响到长鳍吻鮈的生存和发展。为更好地了解长鳍吻鮈群体的遗传多样性及遗传分化情况,本文利用两种分子标记系统(线粒体基因组DNA分子标记和微卫星标记)对采自长江上游干支流的6个长鳍吻鮈群体进行数据分析。主要研究结果如下：1.利用线粒体DNA对长鳍吻购遗传结构的分析1)基于Cytb基因分析107尾长鳍吻鮈序列共检测出18个变异位点,18个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.709和0.00143；基于控制区标记分析116尾长鳍吻购序列,共检测出32个变异位点,41个单倍型。单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.814和0.00165。与铜鱼、圆口铜鱼、胭脂鱼、黑斑原鮡、竹荚鱼等比较,长鳍吻鮈遗传多样性相对较低。2)基于Cytb基因数据进行错配分布和Fu’s Fs中性检验结果表示长鳍吻鮈历过群体扩张事件,但Tajima’s D中性检验结果不支持这一结论；而基于控制区数据进行的错配分布和Fu’s Fs、Tajima’s D中性检验结果均表示长鳍吻购种群经历过群体扩张事件。3)单倍型网络结构图及单倍型系统发育树均未显示单倍型分布与地理位置相关关系信息。基于Cytb基因和控制区数据的基因流(Nm)和分子变异方差分析(AMOVA)结果表明：群体间的基因交流十分频繁,变异主要来自于群体内,群体间无显著分化。2.微卫星标记的开发和群体分析1)通过FIASCO法分离长鳍吻鮈的微卫星DNA。共挑选165个阳性克隆进行测序,其中有92个克隆含有微卫星序列并适合设计引物。对设计的55对引物进行筛选,发现有10对扩增稳定且多态性较高。本研究中,选取8个微卫星分型结果良好的位点用于群体分析。从微卫星位点看,8个位点分别检测到5(RV-2)-48(RV-7)个等位基因,共202个等位基因,平均每个座位25.25等位基因,多态信息含量为0.38585(RV-2)-0.907583(RV-7)。经Hardy-Weinberg equilibrium检验,除RV-2在江津和南溪群体中处于不平衡状态外,其它位点均处于Hardy-Weinberg equilibrium状态。表明除位点RV-2外,其他7个位点均可作为长鳍吻鮈遗传标记分析有效的微卫星引物。2)长鳍吻鮈6个群体的等位基因数为5.25个(赤水)-18个(江津),基因丰富度较高；多态信息含量范围0.6805(赤水)-0.8218(江津)；观测杂合度范围0.7021(南溪)-0.8875(水富)；期望杂合度范围0.8304(赤水)-0.8586(水富),各群体平均杂合度较高。3) AMOVA分析表明变异主要来自群体内,群体间未出现显著分化。种群分化指数和Nei氏遗传距离分析也表明各群体间无显著遗传分化和遗传距离也较小。建议将长鳍吻鮈看作为单一的进化显著单元,整体就地保护,同时还要重视群体中稀有和特有等位基因的保护。