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本文先对结构功能主义理论进行了简要的介绍，然后运用该理论，分别对政府组织的机构设置和运行机制两个方面进行了协同性分析。在此分析中，首先，从横向和纵向两条线路切入，论述了机构设置的现状，并对其进行了协同性分析；其次，也是从纵横两个方面着手，对运行机制的现状和协同性予以了分析。就分析的结果，分别在两个部分的最后提出了理想中的机构设置和运行机制的理论假设。例如，在机构设置方面可以采用大部合并、协调机构不单设办事机构等方法提高政府组织的协同性；而运行机制上可从行政决策、行政执行、行政监督等方面进行改善，提高政府组织的协同性程度。