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目的:通过检测VDR基因上19个tagSNP并分析与环境因素的交互影响,阐明基因-环境的交互作用在肺结核发生中的作用。运用生物统计学方法构建基因-环境交互作用的分析模式,为复杂性疾病的研究提供参考。 方法: 1.研究对象的确定与调查方法 采用成组匹配确定病例对照研究的对象(以年龄、性别、民族为匹配因素)1146例,其中,病例组573例,对照组573,对照要求未患呼吸系统疾病。 2.tagSNP获取及功能预测 通过hapmap数据库中国人群的遗传信息,采用Tagger Pairwise Methods(RSquare cut off=0.8,MAF cut off=0.2)获取VDR基因的所有19个tagSNP信息。用SNP功能注释系统(如Ensembl的SNPView系统和哈佛大学的SNPper系统等)对这些SNP的功能(如对转录的影响、对RNA结构的影响和对合成蛋白的影响等)进行分析和预测。 3.基因多态性检测 由经过严格培训的医务人员采集外周血,提取血液DNA,用高分辨熔解曲线法来检测19个tagSNP的等位基因频率。对无响应的SNP则用测序法进行多态性检测。 4.统计分析方法 采用病例对照研究,分析过程中将病例单独作为亚研究,进行无对照的病例研究。应用叉生分析、广义估计方程和Logistic回归对tagSNP与环境因素的主效应及交互作用进行分析。系统、全面地阐述基因-环境交互作用在肺结核病发生和治疗中的作用。 结果: 1.研究对象临床资料分析 病例组平均年龄41.03±16.26岁;对照组平均年龄43.26±17.26岁。病例组和对照组男性均为384个,女性189个,汉族人员所占比例为97.60%,工人所占比例超过50%,鄞州区肺结核患者中男性比女性高1倍,外来务工人员占比超过50%,这可能与该群体的居住环境和个人卫生习惯相关。患者中结核杆菌涂片阳性率较低而X光异常率较高,说明患者在出现明显的呼吸系统症状时才来就诊,而国产的涂片试剂盒质量有待进一步提高。 2.TagSNP19的分析结果 19个tagSNP中, rs739837(P=0.005),rs10735810(P=0.006)为显著阳性,具有统计学意义。2个SNP(rs2239179和rs2239186)临界阳性。rs739837与ApaI(即rs7975232)在CHB人群中完全连锁;rs10735810即FokI,ApaI和FokI多态性与肺结核的相关性在以往的研究中已有报道,本研究在大样本人群中明确VDRtagSNP中这两个SNP与肺结核密切相关。 3.哈温平衡的分析结果 18个分型成功的SNP中,1个SNP(rs2239181)在亚洲人群中受到进化选择不符合哈温平衡(P<0.01),具有统计学意义。其他17个均符合哈温平衡。 检索NCBI的dbSNP,发现HapMap CHB人群和JPT人群该SNP的哈温也不平衡,说明这个SNP在亚洲人群中受到进化选择,而非分型错误或采样误差。 结论:鄞州区肺结核患者中男性比女性高1倍,外来务工人员占比超过50%,这可能与该群体的居住环境和个人卫生习惯相关。VDR基因肺结核遗传易感位点位于ApaI和FokI所代表的连锁不平衡域。