工程项目组织承担着巨大的社会和历史责任。工程项目组织的有效运行需要制度的制约和保障，制度对于工程项目组织而言具有重大意义。但是长期以来，工程项目组织的制度结构一直没有引起足够的重视。当前我国工程项目组织所存在的一些问题，如项目主体信用缺失等在很大程度上是由于缺乏制度约束而造成的。工程项目组织的制度结构问题必须引起业内，尤其是政府以及工程项目组织参与企业的注意。 本文主要在以下五个方面对工程项目组织的制度结构做了系统研究： 1.借鉴制度经济学经典“制度”及“制度结构”研究成果，结合工程项目组织的自身特点，提出了工程项目组织制度结构的定义并建立了其理论体系。将工程项目组织的制度结构分为工程项目组织外部制度和内部制度两大部分。其中，工程项目组织的外部正式制度、内部正式制度和内部非正式制度是工程项目组织所特有的，更能体现出工程项目组织的特性。因此，本文对工程项目组织的外部正式制度、内部正式制度和内部非正式制度三个方面进行深入剖析，分别建立了上述三个方面的理论结构。 2.从法律制度、市场制度、信用制度和其他正式制度方面剖析我国目前工程项目组织外部正式制度以及各层面不同外部正式制度存在的问题，并提出改进建议。 3.从全生命周期理论角度搭建内部正式制度的结构框架。结合实例，提出了工程项目组织内部正式制度的判断分析思路和方法。再以网上问卷调查的数据分析我国目前工程项目组织内部正式制度的情况。 4.构建内部非正式制度结构，包括项目目的、组织使命、项目目标和组织文化四个层面。 5.建立工程项目组织中组织文化的模型，通过问卷调查所获得的数据，对模型进行验证，得出某轨道交通工程项目组织的组织文化框架结构，并研究了其与组织效能的相关性。 本文的研究扩展了制度经济学中的制度结构理论，丰富了工程项目组织理论，有助于政府把握和消除工程项目组织外部正式制度中存在的障碍，同时为内部制度的建立提供了思路和实证案例。