合作社(co-operative)在我国早已有之,并经历了曲折的发展历程,同时也积累了宝贵的经验及教训。如今,随着我国改革开放的不断深入和社会主义市场经济体制的建立及完善,广大农民也被卷入了市场经济的浪潮,甚至开始参与世界经济一体化的进程。然而,单个的农户在市场竞争中处于明显的弱势地位,其谈判及抗拒风险的能力较为薄弱。在此背景下,有关专家学者呼吁,只有让农民走合作化的道路才可以较好的克服单个农户无力应对市场经济的困境,而已有的合作社也确实在促进农民增收、农业产业化及提升农民规避市场风险的能力方面发挥了较为明显的作用。于是,在专家呼吁和广泛宣传的情况下,农民专业合作社进入了一个较快的发展时期。对于农民专业合作社的发展,党和政府也给予了高度重视,多次在政策文件中提及农民专业合作社的发展,并专门出台了《中华人民共和国农民专业合作社法》,对农民专业合作社给予支持和保护,同时也是对合作社的规范,因此,《合作社法》的出台标志着我国农民专业合作社开始步入了制度化的进程。在提倡依法治国的社会中,对合作社进行法律规范是理性的选择。然而,发源于小农经济基础上的农民专业合作社具有天然的零散性,加之我国幅员辽阔,民族众多的国情,我国的农民专业合作社具有十足的多样性或说地域性,因为我国的农民专业合作社作为一个社会组织是“嵌入”在具体的文化背景之中的,其组建及运作也是按照所在地的“惯习”进行的,因此,在制度化的进程中,我国的农民专业合作社势必会面临一些困境,这些困境能否及时解决将关系到我国农民专业合作社能否健康发展。本文就是在这样的背景下,对我国制度化进程中农民专业合作社的困境进行了研究,着重分析了我国合作社中普遍存在的名实分离、外部法律环境缺失及运作失灵的困境,并提出了相应的对策建议。本研究共分为六个部分：第一部分为导论部分,主要介绍了本研究的缘起、研究的意义、研究的方法、思路,并对本研究中的相关概念进行了界定。第二部分为文献综述部分,对国内外农民专业合作社的发展状况及研究进行了较为系统的梳理,以期为本研究提供较好的理论借鉴。第三部分主要对我国合作社的发展历程进行了梳理,并总结了其中的经验及教训,以期为解决我国农民专业合作社在制度化进程中面临的困境提供参考。第四部分为文章的重点部分,在此部分中,笔者结合实地调研及文献梳理,对制度化进程中我国农民专业合作社普遍存在的名实分离、外部法律环境缺失及运作失灵的困境进行了分析。第五部分也是文章的重点,笔者从国家层面、地方层面及合作社自身层面提出了解决存在困境的立体化的对策建议,希望能对解决制度化进程中合作社面临的困境提供参考。第六部分为文章的结尾部分,主要对本论文所研究的问题进行了一个简要的总结,并对以后深入研究的问题进行了初步的讨论。