我国高等教育正向纵深发展，由以往着重改善高校外部关系的初级发展阶段逐步转向着重调整高校内部结构和功能关系的高级发展阶段。高校运行机制的研究正是深入合并高校内部进行的探索性研究。高校运行机制是合并高校能够顺利运行与发展的动力所在。因为机制具有导致一定功能的自动性作用，当合并高校形成有效的机制后，整个学校系统能产生“不用扬鞭自奋蹄”的效能。因此，对高校运行机制的探讨分析，有助于合并高校实现实质性融合，提高办学效益和教学质量，从而真正建立一批学科门类齐全、规模较大的综合性大学，以提高我国高等教育在国际上的竞争力。 本论文第一部分详细论述了高校运行机制的一般原理及其概念，主要包括它的功能要求、结构特点、条件支持以及运行的操作原则、原理与方式等。接着论述了如何构建合并高校的运行机制。在分析了高校合并前与合并后运行状况的基础上，提出合并高校运行机制构建的具体理论与操作问题。为了及时掌握合并高校的运行状况，论文又提出了有利于高校运行的评价机制。把合并高校评价系统纳入自组织控制，使被评价系统各要素间的相互作用形成协同效应，推动合并高校的发展与融合。最后，论文对武汉理工大学的运行状况进行了分析研究，并由此得到结论：合并高校的运行机制具有一些共同特征，但最重要的是每个合并高校应根据自身定位与发展目标，建立起符合本校实际情况的运行机制。