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本文对鳞翅目(Lepidoptera)凤蝶科(Papilionidae)中的两个物种青凤蝶(Graphium sarpedon)和异型斑凤蝶(Chilasa clytia)进行了线粒体基因组全序列的测定,并分析了两种凤蝶线粒体基因组全序列的特征,同时在Genebank中下载了已测得线粒体基因组全序列的14种凤蝶科内其他物种的全序列与本研究中获得的青凤蝶及异型斑凤蝶线粒体基因组序列进行对比,并以黑腹果蝇为外群,基于13个蛋白质编码基因序列构建了凤蝶科的系统发育树。本文所研究的两种凤蝶线粒体基因组的基因排列顺序与鳞翅目中大多数昆虫完全相同。青凤蝶和异型斑凤蝶的线粒体基因组全序列共有37个基因,序列全长分别为16005bp和15281bp,与鳞翅目其他昆虫一样,这两种凤蝶的mtDNA中也包括了22个tRNA基因、2个rRNA基因(16S/rrnL和12S/rrnS)、13个编码蛋白的基因(PCGs)和一个AT丰富区(A+T-riched region) 。青凤蝶mtDNA序列中有8处基因间隔。这8处间隔的长度在1-38 bp之间,其中序列最长的在tRNAIle和ND2基因之间。既没有基因间隔也没有基因重叠的共有14处,有12处基因重叠的区域,基因重叠的区域长度在1-8 bp之间徘徊。异型斑凤蝶线粒体基因组有13处基因间隔。各个间隔的长度在1-52 bp范围内,其中序列最长的在tRNAne和ND2基因之间。既无基因间隔也无重叠的地方共有12处,基因重叠的区域为12处,基因重叠区范围在1-20 bp之间。两种凤蝶的线粒体基因组序列中中均含有22个tRNA。长度在61bp(tRNAser)到71bp(tRNALys)不等。除tRNAser基因外,所有tRNA的二级结构都具有典型的三叶草结构。其中tRNASer(AGN)基因缺失DHU臂,该位置形成一个简单的环,这异现象在鳞翅目昆虫中十分常见。青凤蝶和异型斑凤蝶线粒体基因组的A+T富含区均位于基因srRNA和基因tRNAIle之间。长度分别为1126bp和454bp,差距较悬殊。本文结合了凤蝶科获得线粒体基因组全长序列的14个物种的mtDNA进行对比分析,包括线粒体基因组的特征、蛋白质密码子使用情况和基因间隔特点等。结果显示凤蝶科各物种之间上述特征均具有较高的保守性,近一步证明了昆虫线粒体基因组具有基因组成稳定和排列相对保守等特征。在此基础上,基于线粒体基因组13个蛋白质编码基因序列,以黑腹果蝇为外群,对青凤蝶和异型斑凤蝶在内的16个物种进行了系统进化分析,结果显示在凤蝶科内部形成一大一小两分支,大分支里包括绿带翠凤蝶(papillio maackii)、西番翠凤蝶(papilio syfanius)、碧凤蝶(papilio bianor)、非洲白翠凤蝶(papilio dardanus)、金凤蝶(papilio machaon)、玉带凤蝶(papilio polytes)、宽尾凤蝶(papilio maraho)、异型斑凤蝶(Chilasa clytia)、黄裳凤蝶(troides aeacus)和金斑喙凤蝶(teinopalpus aureus)、小分支中包括秦岭太白地区虎凤蝶(luehdorfia Taibai)、燕凤蝶(lamproptera curius)、铁木剑凤蝶(graphium timur)、青凤蝶(Graphium sarpedon)和麝凤蝶(atrophaneura alcinous)。