随着高校教育由精英教育向大众教育的转化,高校规模不断扩大,给统一管理带来了众多的问题,学校的运行效率也较低;同时,国家对高等教育经费的投入逐年增加,但是相对于高校教育事业发展的需要,仍然是捉襟见肘,教育经费的使用情况也颇受公众关注。对高校二级学院进行投入产出绩效评价能最大限度的实现高校资源配置效率和收益的最大化,同时能够实现校院分级管理的规范化。所以,建立科学有效的高校二级学院绩效评价体系迫在眉睫,是高等教育事业自身发展的需要,也是国家、大众对高校资源投入产出信息公开的要求。本文从投入和产出的角度对学院绩效进行考评,广泛参阅文献资料和专家意见得到绩效评价投入产出指标体系,然后采用数据包络分析方法进行分析,并对分析结果进行评价说明,提出改进意见。评价过程中尽可能保留统计数据的原始客观性、评价内容的全面性,同时引入某院校进行实证分析,验证了方法的可行性。最后,对高校和各院系的建设及发展提供了对策和建议,希望能够有助于高校和二级学院未来的发展。