自20世纪50年代以来,我国在国家水行政主管部门内陆续建立了长江水利委员会等七大流域资源环境管理机构,在流域资源环境管理方面取得了巨大的成绩,也积累了不少管理的成功经验.但由于流域问题本身的复杂性和管理体制与机制不顺等多方面的原因,流域资源退化、灾害频发、生态环境恶化、产业结构雷同、经济发展不平衡等问题依然严峻,主要表现在:①水资源管理和水环境管理分离的双重管理体制割裂了水资源的生态和经济属性,不可避免造成管理职能的交叉;②缺少自主管理权限和履行职能的权威性;③“多龙治水”,以分权和制衡牺牲了管理的效率与效能;④缺少正式的公众参与机制和信息沟通渠道。面对21世纪可持续发展对流域开发保护和我国经济社会持续、快速发展的需要,我国流域资源环境管理面临如何有效地实施流域资源环境管理,以解决当前已非常紧迫的流域资源退化与生态环境恶化等诸多危机。借鉴国际流域资源环境管理成功经验,结合我国流域实际,未来我国新型流域资源环境管理机构组建可采取流域资源环境管理委员会加流域资源环境管理局的双层体制.流域资源环境管理委员会负责统一协调和决策流域范围内各项管理事务,其委员应有广泛的代表性,包含中央有关部门、流域内各地方政府代表,受益户的代表以及专家代表等,职责是制订政策,作出各项决议和决定,流域资源环境管理的一切重大事项和政策都应由流域资源环境管理委员会通过民主表决的办法来决定。其次,在流域资源环境管理委员会下设流域资源环境管理局或类似机构,作为管理执行机构,这个执行机构的职能是执行流域资源环境管理委员会所制定的一切政策和所有决议。