棉花是新疆种植面积最大的经济作物。苗期病害是影响棉花生产的主要因素。为明确新疆东部棉花苗期病害种类及病原菌分布情况,并查证两种潜在危险性病害在新疆的发生有无,分析主要苗期病害对产量的影响,研究针对主要病害的防控方法,为棉花病害的高效防控提供依据。本研究对新疆东部棉花种植区进行了苗期病害的调查,并利用病原菌特异性引物对采自新疆东部的棉花病样进行了四种常见根茎部病害的PCR检测,同时针对两种潜在危险性病害将全疆采集的土样和病样进行了PCR检测。在此基础上,采用人工接种水培法,分析了两种根腐类病害对棉株生理生化指标的影响。并通过人工接菌后的田间防控试验对两种根腐类病害高效防控方法进行了分析。研究取得以下结果:1.新疆东部棉花种植区主要棉花苗期根茎部病害有枯萎病、立枯病、黄萎病,主要茎叶部病害有炭疽病和细菌性角斑病。其中枯萎病在新疆东部的发生最为普遍,立枯病次之,黄萎病发生相对较少,调查过程中未发现红腐病,其他病害仅有零星发生。2.特异性引物PCR检测结果表明:在新疆东部棉区的棉花根茎部病样中可检测到主要苗期根茎部病害病原菌有3种,分别为尖孢镰孢霉、立枯丝核菌、大丽轮枝菌。其中尖孢镰孢霉在22份混合病样中的检出率最高,是优势菌;立枯丝核菌次之、大丽轮枝菌较低,而拟轮枝镰孢霉的检出率为0%。3.针对两种潜在危险性病害(黑色根腐病和德克萨斯根腐病)特异性引物PCR检测结果显示:从新疆土样及病株样品中均未检测到黑色根腐病菌和德克萨斯病根腐病菌。说明这两种危险性棉花病害在新疆暂无发生或发生极少。4.接种立枯病菌和红腐病菌后,无论抗、感品种棉株体内各指标较对照都有大幅降低,且接菌后感病品种各指标的降低幅度明显大于抗病品种,说明这两种病害均对棉株生理生化过程有很大影响,并对感病品种影响更大。5.立枯病和红腐病混发条件下的产量损失分析结果显示:棉花三叶期病情与棉花籽棉和皮棉产量损失关系呈正相关,在三叶期病情指数5%—52%范围内病情与棉花籽棉和皮棉产量损失率关系接近于直线正相关。6.膜下滴灌条件下对棉花立枯病和红腐病的化学防控研究结果显示:种子包衣基础上苗期进行二次施药处理可显著提高防病效果,种子包衣基础上苗期进行一次施药处理相对于只有种子包衣的处理也有明显的防效提升。