多重实时PCR技术用于Ph-like急性淋巴细胞白血病融合基因检测的研究

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Ph-like ALL(Philadelphia chromosome-like Acute Lymphoblastic Leukemia)为最新报道的一种ALL亚型,在ALL中约占20%。表达谱聚类分析发现其基因表达与BCR-ABL1阳性ALL(Ph+ALL)相似,临床预后也相似,但不存在BCR-ABL1融合基因。Ph-like ALL涉及激酶信号通路异常活化和一系列细胞因子受体基因异常,并常伴有淋系发育相关转录因子异常。近几年研究发现,基于Ph-like ALL分子遗传学异常,使用相应的酪氨酸激酶抑制剂(TKIs)联合化疗可以显著改善Ph-like ALL的疗效。因此,检测Ph-like ALL相关的分子遗传学异常具有重要的临床意义。本研究采用实时PCR技术平台,以Ph-like ALL相关的32种融合基因和一项独立预后因素为检测对象,结合媒介探针技术和HAND系统(Homo-Tag Assisted Non-Dimer),建立四管多重实时PCR的检测方法,可检测与Ph-like ALL相关的32种融合基因(42种以上的融合形式)和一项独立预后因素。首先通过文献调研确认每种融合基因的断裂点,并构建了 42个阳性质粒用于所有引物和探针筛选以及后续的灵敏度考察,之后先对单个融合基因建立单重实时PCR体系,进而组合单重体系建立多重实时PCR体系;通过阳性质粒和模拟实验考察多重实时PCR体系的灵敏度和特异性。最后,我们利用86份白血病标本对多重实时PCR体系进行临床验证,共检出9份阳性标本,8份标本与测序验证的结果一致,1份测序失败。说明该检测体系具有灵敏度高、特异性高的优点,可用于Ph-like ALL融合基因筛查。另外,我们使用多重体系的引物和探针针对特定的融合基因建立了双重定量体系,并考察其可用于微小残留病(MRD)的定量,监测患者疗效。进一步扩展了该体系的临床应用价值。
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