环境犯罪带来的环境污染和环境破坏问题已经成为威胁人类生存与发展的典型环境问题。面对日益严峻的环境风险，各国政府都把刑事法律用作防控环境犯罪的重要手段。实体法虽然可以制订规制环境犯罪的普遍规范，但它是以确定性和可预测性为追求目标的，其固有的滞后性和非灵活性无法适应环境犯罪带来的风险的高度不确定性。面对环境实体法与环境风险之间的紧张关系，提供有效减少乃至化解环境风险的方法和途径，是程序法不能回避的义务。但传统刑事诉讼程序在应对环境犯罪时出现了种种不适，如何将生态保护要求和可持续发展理念融入刑事诉讼中，构建符合保障环境权实现、有效打击环境犯罪要求的环境刑事诉讼机制就成了亟待解决的问题。而选择以启动程序作为契入点来展开对环境刑事司法程序的创新性研究，主要是基于两方面的考量：其一，启动程序的重要性。启动程序作为环境刑事诉讼的第一阶段，是环境刑事诉讼得以顺利进行的基础，也是环境犯罪刑事责任得以最终落实的首要环节。启动程序方面的制度是否具有正当性和延续性，在很大程度上将制约或影响惩治环境犯罪的实际效果；其二，来自实务部门的困惑。由于现行刑事诉讼法规范的粗疏性，加之环境犯罪的特殊性，实务部门在追诉环境刑事犯罪时经常面临困境，在诸如立案管辖如何划分、立案标准如何把握、追诉时效如何界定等问题上操作不一，而这些问题很大一部分都来自启动程序。在研究视野上，笔者将传统刑事诉讼的立案阶段、侦查阶段和起诉阶段作为一个整体（即启动程序）来进行研究。在研究思路上，文章始终从整体上把握了一条主线，即以环境犯罪的特殊性作为依据展开对环境刑事诉讼启动程序理论底蕴与制度构建的研究。抽象概念对建立理论至关重要，要研究这一主题，需要先界定环境刑事诉讼启动程序的内涵。笔者在将司法中的困惑导入研究视域后，提出解决环境司法之低迷现状的最高手段就是法律控制。但是传统的刑事诉讼法无法适应环境犯罪的挑战，环境刑事诉讼启动程序的提出顺理成章。启动程序是指国家特定司法机关根据合理的理由及依据,而着手收集证据,调查犯罪事实是否发生和查获犯罪嫌疑人的开始步骤。它应当包括立案、侦查、起诉三个阶段，至少包括犯罪的立案标准、立案管辖、追诉时效等几个方面的问题。在制定环境刑事诉讼启动程序的法律规范之前，有必要先厘清其价值取向。笔者论证了启动程序价值嬗变的依据：风险社会是启动程序价值取向生态化转变之现实基础；可持续发展的环境伦理观是启动程序价值取向生态化转变之伦理支撑；折衷主义刑罚观是启动程序价值取向生态化转变之价值源泉。籍此，对环境刑事诉讼启动程序的价值进行了生态化拓展，架构了全新的“生态安全优位的均衡型诉讼价值观”，这是环境刑事诉讼启动程序对环境犯罪所作的理性应答。对环境刑事诉讼启动程序基础理论的把握，是探讨启动程序制度路径的关键。笔者认为，对启动程序的目的界定必须摆脱一元的功利主义、工具主义甚至国家主义理论的束缚，转而从环境刑事诉讼启动程序的内在价值的角度获得其正当性的依据，进而确立了“从惩罚犯罪到控制犯罪”的诉讼目的观；遵循这一思路，笔者将启动程序的原则界定为：风险预防原则、比例性原则和程序自治原则。其中的风险预防原则作了创新性突破，既包括预防人为环境风险，也包括预防程序风险；结合防控环境风险的需求，笔者将启动程序的功能界定为输入功能、屏蔽功能、分流功能和预防、惩罚、恢复三位—体的整合功能。在此理论基础上，对环境刑事诉讼启动程序的制度构建是文章的终极目的所在。在立案阶段，建议降低立案标准，取消立案程序在环境刑事程序中的独特地位，剥离其案件分流功能；在侦查阶段设置了程序性制裁措施，以防追求犯罪控制时过度侵犯他人合法权益；在起诉阶段，赋予环境被害人自诉权，创建“自诉担当”制度，以弥补环境被害人自诉能力之不足；完善控方在公诉案件中的诉权分配，在犯罪控制的目的观的指引下扩大公诉人的起诉裁量权，构建暂缓起诉制度，为程序当事人提供多元的程序机制，最大可能地防治环境犯罪；在追诉时效上，提出以“环保行政机关公布对环境违法行为人的行政处理决定之日”为时效的起算点，利用追诉时效障碍机制来达到追诉时效地实质延长。此外，文章还就举证责任倒置的谨慎适用、辅助性制度的构建进行了阐述。以上是在现代生态价值观的指引下，回应了环境犯罪对刑事诉讼程序的特殊要求，在具体的制度的架构上所作的研究。对丰富环境法学理论的内容，促进环境法学体系的完善，防控环境犯罪有着一定的理论与实践意义。