云南省迪庆地区藏族SLE相关miRNA和mRNA差异表达的研究

来源 :昆明医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:nemosan
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[目 的]本研究探索云南省迪庆地区藏族系统性红斑狼疮患者外周血单个核细胞中差异性miRNA和mRNA的表达情况。基于生物信息学分析方法,构建miRNA-mRNA调控网络,筛选SLE相关的miRNA并对其进行靶基因预测,探索参与SLE发生发展的机制和疾病相关生物标志物,以期指导临床实践中对SLE的诊断和治疗。本研究有望填补云南省藏族人群SLE相关研究的空白。同时,为进一步研究环境和遗传因素在SLE的发病机制和合理防治提供理论基础。[方法]本研究采集10例藏族SLE患者(SLE组)与10例藏族健康对照者(NC组)空腹外周静脉血20ml,分离PBMC并抽提RNA。SLE组和NC组每组分别随机选取5例进行高通量测序,得到SLE患者较健康对照者差异性表达的miRNA和mRNA表达谱。进一步通过荧光定量PCR验证测序结果真实性后,对差异基因进行GO富集分析、KEGG通路富集分析、构建PPI网络、筛选核心基因。随后,将已经筛选出来的miRNA的靶基因与差异mRNA取交集,得到交集基因。并对其进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,最终构建miRNA-mRNA调控网络。从miRNA-mRNA调控网络中筛选出起重要作用的差异miRNA和差异基因。[结 果]1.二代高通量测序共筛选出45个显著差异表达的miRNA,其中上调13个,下调32个;469个显著差异表达的mRNA,其中上调356个,下调113 个。2.RT-qPCR检测10例藏族SLE患者与10例藏族健康对照者PBMC中miRNA的表达情况,结果表明:相比于健康对照组,miRNA-3942-3p和miRNA-3614-3p在SLE患者组PBMC中miRNA的表达水平上调,差异具有统计学意义;miRNA-4512和miRNA-4434在SLE患者组PBMC中miRNA的表达水平下调,差异具有统计学意义。4个miRNA荧光定量PCR结果和高通量测序结果基本一致,说明测序结果可信。3.差异基因的GO分析富集在与狼疮可能相关的免疫反应、炎症反应、细胞趋化性、淋巴细胞活化、Toll样受体信号通路的调控、趋化因子分泌及调节等生物学过程。KEGG通路分析得到狼疮相关的趋化因子信号通路、IL-17信号通路等通路。从构建的PPI网络中筛选出15个核心基因。4.miRNA-mRNA调控网络中,贡献最大的是miR-4512,并从中筛选出多个起重要作用的差异miRNA和mRNA,其中有2个miRNA(miR-125b-5p、miR-31)和4个mRNA(LPAR1、CXCL5、CXCL13和CXCL16)是目前报道过可能和狼疮密切相关的。[结 论]1.云南省迪庆地区藏族SLE患者PBMC内与藏族正常人相比存在多个miRNAs和mRNAs表达差异。2.SLE发病是一个复杂的生物学过程,它的发生发展有多种类型的基因和通路参与。3.miRNA-mRNA调控网络中,贡献最大的是miR-4512,并从中筛选出的多个差异 miRNA 和 mRNA(miR-125b-5p、miR-31、LPAR1、CXCL5、CXCL13 和 CXCL16等)可能参与SLE的发生发展,为进一步深入探索高海拔地区藏族SLE的发病机理,为疾病寻找潜在生物标志物和靶向治疗手段提供了新的思路。
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