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植物内生菌是一类具有丰富物种多样性的微生物类群，是植物微生态系统的重要组成部分。大多数植物内生菌对植物本身有益，能产生在微生物与宿主关系中发挥作用的生物活性物质。研究表明某些抗癌药用植物中个别内生菌能够产生与宿主相同或相似的生理活性成分，内生菌已经成为新的抗菌、抗癌、抗植物病虫害物质的资源宝库。因此，从大量未研究过的植物中发现内生微生物新物种和新的活性物质的机率较高，植物内生菌的研究具有重大意义和潜在的应用价值。本研究以59种药用植物为研究材料，采用植物匀浆法和组织块法，以NA琼脂、PDA琼脂和R2A琼脂三种培养基分离得到740株内生菌纯培养物。其中放线菌110株、细菌430株和真菌200株，并对分离所获得的菌株进行编号和菌种保藏。利用链霉菌属（Streptomyces）、拟无枝酸菌属（Amycolatopsis）、假诺卡氏菌属（Pseudonocardia）、糖丝菌属（Saccharothrix）、小单孢菌属（Micromonospora）、高温单孢菌科（Thermomonosporaceae）、链孢囊菌科（Streptosporangiaceae）和小单孢菌科（Micromonosporaceae）8种不同类群的放线菌特异性引物，对分离得到的110株放线菌进行快速检测，95株放线菌被快速鉴定。其中81株菌归属于链霉菌属（Streptomyces）、6株菌归属于小单孢菌属（Micromonospora）、4株菌归属于拟无枝酸菌属（Amycolatopsis）、3株菌归属于假诺卡氏菌属（Pseudonocardia）和1株菌归属于糖丝菌属（Saccharothrix）。未被鉴定的15株内生放线菌采用16S rDNA系统发育分析，结果7株菌归属于链霉菌属（Streptomyces）、2株菌归属于小单孢菌属（Micromonospora）、2株菌归属于诺卡氏菌属（Nocardia）、1株菌归属于假诺卡氏菌属（Pseudonocardia）、1株菌归属于糖丝菌属（Saccharothrix）、1株菌归属于塚村氏菌属（Tsukamurella）和1株菌归属于类诺卡氏菌属（Nocardioides）。430株植物内生细菌采用革兰氏染色法进行观察，结果显示129株为革兰氏阴性细菌，301株为革兰氏阳性细菌。其中43株革兰氏阴性细菌采用16S rDNA序列系统育分析，将其归入3个纲，6个目，12个科，16个属。其中9株菌归属于无色小杆菌属（Achromobacter）、5株菌归属于土壤杆菌属（Agrobacterium）、5株菌归属于假单胞菌属（Pseudomonas）、5株菌归属于苍白杆菌属（Ochrobactrum）、4株菌归属于草螺菌属（Herbaspirillum）、3株菌归属于根瘤菌属（Rhizobium）、3株菌归属于产碱菌属（Alcaligenes）、1株菌归属于纳西杆菌属（Naxibacter）、1株菌归属于贪噬菌属（Variovorax）、1株菌归属于污水杆菌属（Defluvibacter）、1株菌归属于屈曲杆菌属（Ancylobacter）、1株菌归属于甲基杆菌属（Methylobacterium）、1株菌归属于剑菌属（Ensifer）、1株菌归属于副球菌属（Paracoccus）、1株菌归属于肠杆菌属（Enterobacter）和1株菌归属于黄单胞菌属（Xanthomonas）。从430株植物内生细菌中筛选出甲醇利用型吡咯喹啉醌产生菌4株。菌株编号分别为：27-083114、27-091417、27-091421和27-083129。通过色谱峰面积定量分析，其PQQ产量分别为：64.34mg/L、4.61mg/L、2.92mg/L和1.97mg/L。对4株PQQ产生菌进行16S rDNA序列系统发育分析将其归属于4个属，分别是芽孢杆菌属（Bacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、苍白杆菌属（Ochrobactrum）和无色小杆菌属（Achromobacter）。本研究筛选到的可产生64.34mg/LPQQ的野生型菌株27-083114，与革兰氏阳性细菌酸快生芽孢杆菌的系统发育关系最近，以往报道的PQQ产菌为革兰氏阴性菌，尚未见到由革兰氏阳性细菌产生PQQ的报道。本研究突破了从革兰氏阴性细菌中筛选PQQ产生菌的研究思路，为开发新的PQQ产生菌资源提供了科学信息。