本文从电子商务发展的现状出发,介绍了工作流管理系统在电子商务当中一些应用,并详细阐述了工作流管理系统在B2B电子商务模式下应用的发展及存在的问题,根据B2B电子商务模式中跨组织的特点,提出了跨组织工作流管理系统框架设计的五种思路,并对五种思路进行比较。通过比较,得出(扩展)事例传递设计思路与松散连接设计思路是可以应用于实际工作流管理系统框架设计的两种设计方法。文章引入Petri网的建模方法,在介绍了Petri网建模的正确原则下,重点介绍了以Petri网进行(扩展)事例传递设计思路的跨组织工作流建模和松散连接设计思路的跨组织工作流建模的具体方法,并根据Petri网中的优化原则对工作流模型进行优化,尤其在松散连接设计思路的跨组织工作流建模过程当中引入面向继承式工作流设计的方法。在B2B电子商务模式下建立跨组织的统一工作流并保持各组织的工作流的一定私有性是B2B电子商务模式跨组织工作流设计的重大难题,继承式工作流设计的方法有效地从理论上解决了这一问题,这一设计思路来源于计算机程序设计当中面向对象程序设计的思想,在此基础之上,以汽车4S销售过程当中跨组织工作流的整合为实例进行了实证分析,验证这种设计思路的有效性。文章最后将两种可应用性最强的设计思路进行了优缺点的比较,总结了它们适用的具体环境。