海洋生态系统是人类赖以生存和发展的重要基础。随着社会经济的发展、人口增加和城市化进程的加快，尤其是社会经济发展的趋海化加剧，海洋生态系统面临越来越严峻的挑战。加强海洋保护区建设被认为是保护海洋生物多样性和防止海洋生态环境全面恶化的最有效途径之一。但是目前国内海洋保护区也不是建设“禁区”，这既有经济发展对海域占有的需求；也有上世纪90年代以来，“抢救式”选划海洋自然保护区，造成一些海洋自然保护区选划扩大化；还有保护模式单一，不少本该建成国家海洋公园、海洋特别保护区或其他的，统统划为海洋自然保护区。造成一些海洋保护区与当地经济生活区高度重叠。此外，不少沿海城市将经济发展的增长点和“视角”投向海洋保护区，因此，涉及海洋保护区的开发与保护问题，尤其是调整相关利益各方生态环境及其经济利益分配关系的生态补偿机制便成为学术界、管理部门和公众关心的热点问题。　　 生态补偿机制是以保护生态环境、促进人与自然和谐发展为目的，根据生态系统服务价值、生态保护成本、发展机会成本，运用政府和市场手段，调节生态保护利益相关者之间利益关系的公共制度。海洋保护区生态补偿机制缺失是我国海洋保护区管理弱化、保护区生态环境恶化的一个重要原因。要解决海洋保护区生态环境问题，必须建立生态补偿体系，完善生态补偿制度，基于此，本博士后工作开展海洋保护区生态补偿机制研究，以期为海洋保护区管理政策的制定与评价、经济手段的制定与运用提供科学参考。　　 本研究报告共分9个部分第1章绪论。介绍了国内外生态补偿尤其海洋保护区生态补偿的研究和实践情况，分析了主要经验和不足，提出了研究的基本思路和基本观点。研究指出，由于生态补偿研究本身的复杂性和我国发展阶段的局限性，目前我国在实践上还没有真正意义上的生态补偿。况且，海洋生态环境较陆域生态环境更具有复杂性、特殊性，目前国内生态补偿的理论研究刚刚起步，还处于初级阶段，许多科学问题仍然存在模糊性和不确定性，有待统一。鉴此，提出本研究的研究内容、技术路线与研究方法。　　 第2章海洋保护区生态补偿的相关理论和制度研究。阐述了海洋保护区生态补偿机制的理论基础和政策法规依据。首先导出海洋保护区、生态补偿及相关的概念和内涵，提出生态补偿类型的新分类方法，并把它作为本研究的概念框架。继而深入探讨海洋保护区生态补偿机制的理论依据，包括生态资本和生态价值理论、可持续发展理论、环境经济学相关理论(主要是外部性理论、公共产品理论)理论、环境公平与正义理论、法学理论等；探讨国内现有的涉及生态补偿制度的政策与法律法规，指出中国还没有一项真正以生态补偿为目的的政策设计。最后，对相关基础理论及与生态补偿的关系，以及生态补偿的政策法规的不足进行了述评。　　 第3章海洋保护区生态系统服务价值及评估方法。阐述了海洋保护区的分类及保护目标的种类，及海洋保护区生态系统服务的识别和分类，分析了海洋保护区生态系统服务的特点，并结合功利主义和非功利主义价值分析范式特点建立了海洋保护区生态系统服务评估框架。在分析、借鉴国内外生态系统服务价值评估方法的基础上，提出了海洋保护区生态系统服务价值的评估方法。　　 第4章海洋保护区价值评估。第5章厦门海洋保护区生态补偿标准。探讨了海洋保护区生态系统服务价值评估方法及生态补偿标准，以厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区为例，进行厦门海洋保护区濒危物种的价值评估，并确立了及不同功能区的不同开发利用方式生态补偿标准。　　 第6章海洋保护区生态补偿运作模式及保障体系。研究海洋保护区生态补偿的运作模式及保障体系，主要包括生态补偿的基本原则、主客体、补偿要素、补偿支付模式及保障体系。海洋保护区生态补偿体系的建设必须贯彻公平性、效率性、可持续性、受益者付费四个基本原则，充分发挥政府和市场的作用，有序推进；我国海洋保护区的生态补偿体系，是以政府补偿机制为主，市场补偿为辅，充分发动社会积极参与的补偿体系；生态补偿法规建设、公众参与、保护区管理体制改革是我国海洋保护区生态补偿机制落实的重要保障。　　 第7章生态补偿纳入海洋环境影响评价及保护区调整专题论证中的研究与实践。重点研究海洋保护区生态补偿机制纳入海洋环境影响评价及保护区调整专题论证报告中的必要性、可行性，并结合厦门海洋保护区的实践进行论证。海洋环境影响评价及自然保护区条例的相关法律法规为海洋保护区生态补偿提供了法律保障，海洋环境影响评价文件及保护区调整专题论证报告中引入海洋保护区生态补偿可以提高海洋环境影响评价文件及保护区调整专题论证报告的完整性和有效性，海洋环境影响评价及保护区调整专题论证报告是落实海洋保护区生态补偿的有效途径。　　 第8章国内海洋保护区生态补偿部分案例讨论与分析。选取若干案例进行海洋保护区生态补偿机制的分析与探讨。这些案例既有跨越海洋保护区的大桥建设等需要临时调整保护区(按实验区处理)的生态补偿，也包括为将来发展预留的保护区调整的生态补偿。这方面由于国内没有统一的规范，如生态补偿标准、补偿方式、保障机制等，各地操作方式不一，生态补偿落实成效差异甚大，值得生态补偿的研究与管理人员深层思考。　　 第9章总结与讨论。是整个研究报告的结论与展望部分，系统总结了研究工作的成果、研究特点，并提出了需要进一步研究探讨的问题层面。指出海洋保护区生态补偿制度建设毕竟是亟待建立的新兴环境经济制度，属于跨学科大交叉的研究领域，还有许多理论和实践问题有待深入研究探讨。