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龙眼(Dimocarpus longan Lour．)食、药兼用，属无患子科(Sapindaceae)龙眼属(Dimocarpus Lour．)，是著名的热带亚热带特色果树。中国是世界上龙眼的原产地之一，拥有丰富的龙眼种质资源。20世纪70年代末就开始了龙眼的遗传分类学方面的研究，但是以往的研究中选择的品种具有很大的地理局限性，而且缺乏国外的品种作为对照，研究结果不具有代表性。本研究采用rDNA-ITS序列扩增技术手段和RAPD、SRAP、ISSR分子标记，对来自中国、泰国、印度尼西亚龙眼主产区的16个有代表性的品种进行遗传多样性、系统进化、分子鉴别等研究，以期科学的指导龙眼种质资源的收集、分类和利用。主要研究结果如下：1、采用改良CTAB法提取龙眼基因组DNA，并优化建立了龙眼ISSR-PCR和SRAP-PCR反应体系。利用RAPD、ISSR和SRAP三种分子标记分析了龙眼主产区16个代表性品种的遗传多样性，并通过单一特征性条带或不同特征性条带的组合构建了这16个龙眼的分子鉴别树。S1095-640bp是石硖的特异性条带，可以与其它品种进行区分；结合SRAP的引物组合me9em16和ISSR-13可使龙眼品种得到有效的区分。为更大范围的龙眼种质资源指纹图谱构建提供基础。2、ITS序列分析表明：龙眼的ITS片段长度、GC含量存在一定差异。序列总长度为618-646bp，ITS1为227-235bp，ITS2为227-247bp，GC含量62.2-63.0％。采用DNAStar软件进行系统发育分析显示，来自不同产区的龙眼品种同源性均在94.0％以上；构建的系统树分为三个分支，龙荔自为一单树系。利用ITS序列变异位点可以建立龙眼品种间的分子鉴别树。证实了ITS用于龙眼种内的部分分子鉴定是可行的。运用ITS进行龙眼种质资源的评价具有很好的应用前景。