基因识别是生物信息学的一个重要分支，随着计算机科技的飞速发展，将其应用到基因识别中有很重要的现实意义。论文中首先阐述了基因识别的重要性、主要研究方法及目前国内外的研究现状，在深入分析和比较几种经典的功率谱估计方法的特点和各自的优缺点后，着重研究了基于AR模型预测DNA序列蛋白编码区的问题。介绍了运用AR模型进行谱估计的方法以及基于AR模型的蛋白编码区估计的技术和方法；分析了有关参数对编码区预测准确性的影响。运用仿真软件MATLAB建立了仿真系统，并用计算机仿真实验验证了有关算法并获得了相关结论。　　之后，我们还研究了基于FFT预测蛋白编码区方法的FPGA实现工作，为以后研发便携式的蛋白编码区预测仪做了一些有益的尝试。我们首先简单介绍了目前硬件开发工作的流程，主要FPGA芯片提供商Xilinx公司的Spartan-3的内部结构和系统资源情况，然后，重点研究了基于FPGA的预测DNA序列蛋白编码区的实现方法，详细阐述应用ISE开发平台、Modelsim仿真工具、Snyplify综合工具进行整体架构的建立以及存储器、控制、地址产生等主要模块的设计思路和VHDL编程工作。最后应用Modelsim和Matlab建立仿真系统并对运算结果进行验证和和数据准确性的评估。