1994年我国实行了新的增值税制度，最大特点是纳税人可以根据购进货物的发票(或凭证)抵扣其应缴纳的税款。由于发票的特殊作用，因而一些不法分子通过伪造或虚开发票大肆偷逃国家税款。为了打击发票犯罪，保护国家税收，国务院决定利用现代信息技术建立增值税管理体系，这一体系后来被称为金税工程。　　1994年建立的金税工程，包括增值税防伪税控系统和增值税计算机稽核系统，后来被称为金税工程一期。金税工程一期的建设目的是为了打击伪造、虚开增值税专用发票的犯罪活动。由于当时的技术条件限制，这些系统没有发挥出预期的效果，因此随后停止建设。　　1998年，国家税务总局在总结金税工程一期经验教训的基础上开始金税工程二期建设。2003年7月底，金税工程二期的防伪税控开票子系统、防伪税控认证子系统、增值税计算机稽核子系统和发票协查子系统四个系统全部建成并投入运行，伪造、虚开增值税专用发票的犯罪活动得到有效遏制。2003年，税务部门又根据增值税管理的需要进一步扩充了金税工程的功能，不但将海关完税凭证、货运发票、废旧物资发票纳入监控范围，而且监控环节也从单一的发票管理环节向增值税纳税申报、纳税评估和税务检查等管理环节延伸。并将金税工程二期的名称更改为“增值税管理信息系统”，其内容包括所有涉及增值税税种管理的信息化系统。　　目前，税务部门正在着手金税工程三期(以下简称金税三期)的建设。金税三期的管理范围则涵盖所有税务部门的业务，既包括税收管理的内容，又包括税务部门行政管理的内容。　　金税工程建设对我国的增值税管理具有积极意义，推动了增值税管理的改善，同时也对进一步深化增值税管理改革提出了要求。　　一、金税工程为加强我国增值税管理发挥了重要作用，有效地打击了利用增值税专用发票的违法犯罪活动，提高了增值税征管质量，强化了对税务执法的行政监督，是我国增值税税收收入快速增长的主要因素之一。　　二、由于受历史条件的限制，金税工程还不能完全适应增值税管理的需要，主要体现在一些增值税重要管理对象和管理环节尚未纳入监控范围，业务功能还需进一步完善和拓展。　　完善和拓展工作应纳入金税三期的总体规划当中，要做好与金税三期其他系统在业务和技术方面的有效衔接;就增值税管理而言，首先要做好增值税管理各信息系统的总体规划，其次要着重解决海关完税凭证、农产品收购凭证和商业零售环节的税控问题。