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日本乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus, JEV)是一种虫媒传播性病毒,归属于黄病毒科(Flaviridae)黄病毒属(Flavivitus)。乙脑病毒能够在一个人畜共患的循环圈内传播,涉及到猪,鹭科鸟类,库蚊属蚊子等。由乙型脑炎病毒引发的乙脑为自然疫源性的疾病,乙脑患者不能保持体内较高的病毒滴度,因此人常常出现急性的JEV感染,也通常是JEV的终末宿主。在乙型脑炎病毒的循环圈里,水禽为携带者,蚊子为其主要的传播媒介,猪为贮存宿主与增值宿主,给养猪业也带来了巨大的经济损失。乙脑病毒全基因组测序分析可以直观地了解JEV基因组整体信息与分子毒力特征,对乙脑的分子流行病学也具有直接意义。JEV的基因组为单股正链RNA,全长约为11Kb。有一个I型帽子结构(m7GpppAmp)存在于5’末端,3’末端多以CU—OH结尾,而没有polyA尾巴。氨基酸位点96至10394为全基因组的单一开放性阅读框,编码一个包含有3432个氨基酸残基的多聚蛋白前体。共包括3个结构蛋白：核衣壳蛋白(C)、囊膜糖蛋白(E)、前膜蛋白(prM/M),还有7个非结构蛋白：NS1, NS2a, NS2b, NS3, NS4a, NS4b, NS5。JEV基因组顺序为：5’—C—PrM/M—NS1—NS2—NS2b—NS3—NS4a—NS4b—NS5—3’,各基因区段间无重叠。目前,国内已完成全基因组测序的毒株约为130个,GenBank己公布全基因组序列的JEV毒株仅有63个,且多为人源和蚊源分离株,国内猪源JEV报道较少,已知全基因组序列信息的猪源毒株仅有5个,更多的对猪源JEV全基因组的测序及分析,不仅丰富国内猪源JEV的相关信息,对了解猪群JEV的流行动态及分子毒力特征有直接意义。为了全面了解猪源JEV的全基因组结构,丰富猪源毒株的全基因组信息以及分子毒力特征,本研究首先测定了3个JEV猪源河南分离株BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3和CSF.XZ-2D的全基因组序列,并对它们的核苷酸与氨基酸序列分别进行了遗传分析。结果表明,CSF.XZ-2D全长为10976nt,BSF.ZZ-1和BSF.ZZ-3全长均为10977nt,在后两个毒株基因组的1070Int位点处均有一个插入碱基“G”。BSF.ZZ-1与SA14-14-2的核苷酸同源性最高,为99.8%,氨基酸同源性为99.1%。CSF.XZ-2D、BSF.ZZ-3与SA14-14-2核苷酸同源性均为99.7%,氨基酸同源性分别为99.2%和99.1%。BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3、CSF.XZ-2D与疫苗株的亲本毒株SAl4株核苷酸和氨基酸同源性也较高,核苷酸同源性都为99.4%,氨基酸同源性均为99.0%,与猪源分离株HW (HW1)、HWe (HW2)和SH0601的核苷酸与氨基酸同源性均为98.0%以上。用涵盖全部5个基因型的30个JEV毒株的全基因组序列构建系统进化树,发现这3个猪源分离株位于同一进化分支,均属于基因Ⅲ型。