遗传变异图谱是群体遗传分析和功能研究的重要基础,因此构建高质量绵羊的遗传变异图谱将促进对其遗传多样性和育种历史更全面的了解,推动绵羊育种产业的发展。目前,绵羊上利用最新三代技术组装高质量参考基因组,家养绵羊及其野生近缘种的基因组重测序数据也得到大量释放,这为绵羊变异图谱构建提供了重要的数据支持。本研究收集分析了已经发表的家养绵羊和野生绵羊的重测序数据共计1116个,包括绵羊属的7个野生近缘种和135个家养绵羊品种,完成了群体遗传结构的分析,构建了绵羊基因组变异数据库,计算了39个绵羊品种的近交系数,并筛选了与肉用性状相关基因。具体结果如下:1.本研究通过1116只绵羊的重测序数据比对,鉴定到了~83百万个SNPs和~7百万个In Dels。系统发育树和PCA结果显示,野生近缘种和家养绵羊分离,家养绵羊又可分为欧洲、美洲、非洲和亚洲四个类群。此外,本研究发现绵羊不同品种可形成较好的聚类,个别品种聚类和采样地的不一致反映了绵羊近期的迁移、引种和选育历史。2.本研究构建了世界绵羊变异数据库Sheep Var（http://animal.nwsuaf.edu.cn/code/index.php/sheepvar）,根据前期遗传结构的分析结果,计算每个变异位点在不同群体和品种中的频率分布,使用动态交互表格展示遗传变异信息,引入Ec harts地图工具映射变异频率,便于用户筛选候选变异位点,可以有效帮助用户扩大验证群体,获取更加精确的候选位点。Sheep Var还加入了532 GWAS和2274 QTLs数据,方便通过基因检索实现性状查询。此外,本研究还提供了Bla st和Blat等工具用于在线进行序列分析,并开发了Lift Over在线坐标转换工具实现绵羊不同参考基因组之间的坐标转换。3.对六个类群绵羊品种的长纯合片段（ROH）和近交系数（FROH）的检测和计算发现,欧洲群体的ROH数目及FROH值大都高于其他地区的绵羊群体,表明对欧洲地区绵羊品种的人工选择强度高于其他地区,这可能与欧洲规范的绵羊育种计划和方案有关。其他大量高度选育的品种平均近交系数均高于0.04,高于其他品种绵羊。本研究的39个绵羊品种的近交系数为预防绵羊育种近交衰退提供了数据参考。其中,近交系数的结果显示Ouessant sheep平均近交系数为0.232,地理隔离可能是导致该品种近交水平高主要原因。本研究选取高度选育的五个肉用绵羊品种,通过Fst和πratio进行选择信号计算,结果显示五个品种共享的受选择区域有123个,覆盖156个基因,其中31个基因与之前报道的生长性状相关的QTLs或GWAS区间重合。此外,本研究鉴定到不同肉用品种特异的受选择区域,并分别鉴定到杜泊绵羊38个、无角陶赛特绵羊48个、萨福克绵羊54个、白萨福克绵羊36个和特克塞尔绵羊42个与QTLs和GWAS区间重合的基因。其中,在无角陶赛特绵羊中鉴定到可能影响总脂肪面积的GHR基因。综上,本研究通过收集分析1116只绵羊的重测序数据,构建了世界绵羊综合变异数据库,为绵羊育种工作者筛选育种候选靶点,有效进行扩群研究提供了便利。此外,本研究的近交系数可作为绵羊育种工作的重要参考,受选择分析鉴定到体重、体型和脂肪沉积等性状相关的候选基因,可用于肉用绵羊品种的选种育种工作。