豇豆、绿豆和花生根瘤菌在系统发育上被称为“豇豆族”根瘤菌,该类根瘤菌系统发育分类地位比较模糊。本文采用表型性状测定、操纵元基因16S rRNA和16S-23S rDNA IGS区段序列分析、持家基因atpD和glnII的序列分析方法,研究了35株分离自我国不同地区的豇豆、绿豆和花生根瘤菌的系统发育地位。表型性状聚类结果表明:在79%相似性水平上,所有供试菌株和参比菌株分为群Ⅰ、群Ⅱ和群Ⅲ三个大群。群Ⅰ由来自安徽、湖北、河南、河北、黑龙江、广西、山东和江苏的供试菌株与参比菌株圆明慢生根瘤菌(Bradyrhizobium yuanmingense)组成。群Ⅱ由来自新疆、四川、湖北、河南、安徽和河北的供试菌株与参比菌株辽宁慢生根瘤菌(Bradyrhizobium liaoningense)组成。群Ⅲ由来自河北、广西和湖北的供试菌株与参比菌株埃氏慢生根瘤菌(Bradyrhizobium elkanii)和大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)组成。所有供试菌株表现出丰富的生物多样性,且多样性特征与地域来源有较大关系。操纵元基因序列分析结果表明:供试菌株在属水平上都属于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),在种的水平上供试菌株主要与B.yuanmingense和B.liaoningense亲缘关系较近。持家基因序列分析结果表明:在属水平上全部供试菌株也都属于Bradyrhizobium,在种水平上供试菌株主要与B.yuanmingense和B.liaoningense亲缘关系较近。以上研究表明各种方法获得的实验结果具有较好的一致性,所有供试菌株在属水平上完全一致,均属于Bradyrhizobium,在种的水平上主要归属于B.yuanmingense和B.liaoningense两个种。个别供试菌株在不同的的分类方法中系统分类地位不一致,可能在属内种间存在基因交流。